К XI веку слабость империи проявилась в серии почти одновременных нападений внутренних и внешних захватчиков со всех сторон. В Европе войска христиан продвигались по Испании и Сицилии, вырывая огромные территории из рук мусульман в волне Реконкисты, кульминацией которой стал приход крестоносцев на сам Ближний Восток в конце столетия. В Африке новое религиозное движение, охватившее берберов Южного Марокко и области Сенегала-Нигера, привело к созданию новой берберской империи, образованной путем завоевания большей части Северо-Западной Африки и тех частей Испании, которые еще оставалась под властью мусульман. Дальше на восток два крупных арабо-бедуинских племени – хиляль и сулайм – вырвались из Верхнего Египта, где жили до тех пор, и волной прокатились по Ливии и Тунису, сея хаос и разруху. К 1056–1057 годам они сумели разграбить древнюю тунисскую столицу Кайраван. Именно это вторжение, а не первое арабское вторжение VII века стало причиной опустошения Северной Африки. Арабский историк XIV века Ибн Хальдун, обдумывая разорение своей родины под ударами этих кочевнических нашествий, впервые, наверное, разработал философию истории с точки зрения циклического взаимодействия кочевников и оседлых жителей. Размышляя о вторжениях, он замечает: «В Северной Африке и Магрибе, захваченных бану хиляль и бану сулайм в начале V века мусульманской эры [в середине XI века н. э.] и опустошаемых ими в течение трехсот пятидесяти лет, до сих пор царят разруха и разгром. А ведь до той поры вся страна между Суданом и Средиземноморьем была центром процветающей цивилизации, о чем свидетельствуют развалины зданий и скульптур и руины городов и сел».
Из Центральной Азии явилась еще одна волна захватчиков, которая оказалась самой значительной по своим последствиям. Арабы впервые столкнулись с тюрками в Центральной Азии и в течение какого-то времени ввозили их на мусульманский Ближний Восток в качестве рабов, особенно тех, кого с раннего детства обучали для военных и административных целей и позже стали называть мамлюками, чтобы отличить от смирных рабов, использовавшихся на домашних и других работах. Время от времени мы находим тюркских рабов при ранних Аббасидах и даже Омейядах, но первым, кто стал широко использовать их, был Аль-Мутасим (833–842). Он собрал большой отряд тюркских военных рабов еще до прихода к власти, а позднее стал получать их во множестве в качестве ежегодной дани из восточных провинций. Старая хорасанская гвардия аббасидских халифов снова подверглась арабизации и слилась с местным населением. Иранская аристократия нашла выход политическим амбициям в виде независимых иранских династий, и потому халифам пришлось искать новую опору. Они нашли ее в тюрках-мамлюках с их тюрками-командирами, эмигрантами без местных, племенных, семейных, национальных или религиозных связей и потому преданных центральному правительству. С самого начала тюрки прославились своими превосходными военными качествами, причем особенно отличались, по-видимому, конные лучники и всадники с присущей кочевникам быстротой. С той поры халифы все больше полагались на тюркские войска и командиров в ущерб арабам и иранцам. Поступательная милитаризация режима усилила их мощь.
В XI веке тюрки входили в мир ислама, и не только в качестве захваченных или купленных рабов, но и за счет переселения целых племен свободных тюрков-кочевников, все еще организованных традиционным для них образом. Укрепление империи Сун в Китае после беспорядков междуцарствия отрезало путь для экспансии в Китай и заставило кочевников Центральной Азии обратиться к западному направлению. Эти захватчики принадлежали к племенам огузов и прославились под именем сельджуков, это название они получили по возглавлявшей их военной династии.
Сельджуки вошли на территорию халифата около 970 года и вскоре обратились в ислам. За короткое время они завоевали большую часть Ирана, а в 1055 году Тогрул-бек вступил в Багдад, разгромив Буидов и включив Ирак в сельджукское царство. Через несколько лет сельджуки вырвали Сирию и Палестину из рук местных правителей и пришедших в упадок Фатимидов и преуспели там, где арабы прежде потерпели неудачу, отвоевав у византийцев большую часть Анатолии, которая стала и осталась мусульманской и турецкой землей.
Сельджуки были мусульманами-суннитами, и многие расценили захват ими Багдада как освобождение от шиитов Буидов. Халифы остались номинальными правителями, но настоящими владыками империи, большая часть которой на тот момент была объединена под единой властью впервые с начала халифата, были великие султаны сельджуков, победивших и византийцев, и Фатимидов на западе.