Новые правители империи в администрации в основном полагались на иранцев и иранскую бюрократию. Одной из самых заметных фигур той эпохи был великий иранский министр Низам аль-Мульк, систематизировавший феодальные тенденции, которые уже были присущи практике откупа предшествующего периода. Случаи злоупотребления предыдущей эпохи стали правилом нового общественного и административного порядка, в основе которого лежала земля, а не деньги. Чиновникам предоставлялись земельные наделы. Взамен они обеспечивали содержание некоторого числа солдат. С наделами чиновники получали права не только на комиссию с собранных налогов, но и на сами доходы. Хотя иногда за счет узурпации они становились наследственными, в теории, да и в обычной практике они предоставлялись только на определенный срок и их всегда могли отобрать. Историк Имад ад-Дин, писавший в эпоху сельджуков, указывает, что это был единственный способ внушить беспокойным тюркским кочевникам и воинам заинтересованность в процветающем сельском хозяйстве, а также замечает: «По обычаю деньги собирали с земли и выплачивали их воинам, и ни у кого раньше не было наделов. Низам аль-Мульк увидел, что деньги не поступают по причине разрухи и что в доходе нет уверенности из-за беспорядка. Поэтому он разделил земли между воинами, отдав их им в наделы и сделав источником дохода. Им стало выгодно развивать землю, и к ней быстро вернулось процветание». В этих нескольких простых словах он описал длинный переход от денежной к феодальной экономике.
Общественные потрясения в такую эпоху перемен были неизбежны. Землевладельцы старого режима стали терять свою важность и вытесняться новыми, которые стали таковыми благодаря завоевателям. Найденные в Скандинавии монетные клады в определенной степени свидетельствуют об упадке торговли или, во всяком случае, международной торговли. В IX и X веках арабские и персидские монеты встречаются там очень часто и даже преобладают. В XI веке их становится намного меньше, а затем они и вовсе исчезают.
Главным оппозиционным движением в этот период вновь стали исмаилиты, только в новой измененной форме. В 1078 году Хасан ибн Саббах, вождь персидских исмаилитов, побывал в столице Фатимидов Каире. Там он вступил в конфликт с военачальником-деспотом, который фактически правил фатимидским царством от имени имама. После смерти фатимидского халифа Аль-Мустансира в 1094 году Хасан ибн Саббах и его приверженцы в Иране отказались признать преемника, выдвинутого военачальником, и разорвали связи с выхолощенной каирской организацией. Восточные исмаилиты тем временем объявили о своей верности Низару, старшему сыну Аль-Мустансира, которого обошли при назначении преемника, и вступили в новый период активной деятельности во владениях сельджуков. Последователи «Нового призыва», как назвали реформированный исмаилизм Хасана ибн Саббаха, известны под именем хашишинов или ассасинов, от арабского слова
В 1090 году Хасан ибн Саббах завладел неприступной горной крепостью Аламут на севере Персии. Здесь, как и в аналогичных оплотах, созданных в Сирии в следующем веке, Старец Горы, как называли главу секты, командовал бандами своих преданных и фанатичных приверженцев, ведя кампанию террора и убийств против правителей и сановников ислама во имя таинственного скрытого имама. Эмиссары Старца осуществили серию дерзких убийств видных мусульманских деятелей и военачальников, в том числе и самого Низам аль-Мулька в 1092 году.
Западные летописцы Крестовых походов ярко живописуют страх, который ассасины внушали в Сирии и мусульманам, и крестоносцам, и именно благодаря этим описаниям их имя прославилось и вызывало ужас даже в Европе. Страх перед ассасинами исчез лишь после монгольских нашествий XIII века, после чего в исмаилизме наступил застой и он превратился в мелкую еретическую секту.
Экономическая перестройка эпохи ранних сельджуков происходила параллельно с аналогичной перестройкой религиозной жизни. В Багдаде и других городах были основаны религиозные школы – медресе, которые стали образцом для множества других, появившихся затем в мусульманском мире. Багдадская Низамия, названная так в честь основавшего ее великого министра, и ее аналоги были центрами ортодоксального ислама, а именно возрожденного традиционализма, который начал распространяться повсеместно, и его задача в значительной мере состояла в том, чтобы противостоять подрывному влиянию учения исмаилитов и интеллектуального радикализма предыдущего периода. Некоторое время там преподавал Аль-Газали (1059–1111), один из величайших мусульманских религиозных мыслителей. В его трудах содержатся опровержения как философии, так и ереси.