15 мая группа перебазировалась в Цилистеа, но без самолетов. Тем ее довели до штатного состава, пополнив людьми и самолетами. После получения новых самолетов и ознакомительных полетов начались тренировочные вылеты. II группа первый такой вылет совершила 24 мая. Через день пришел приказ генерала истребителей Галланда: каждая истребительная группа Восточного фронта должна выделить одну эскадрилью для защиты Рейха. II/JG-52 лишилась 4-й эскадрильи лейтенанта Ханса Вальдмана. Ее перебросили во Францию в начале июля. В результате в распоряжении майора Баркгорна временно остались две эскадрильи: 5-я обер-лейтенанта Фённенкольда и 6-я обер-лейтенанта Липферта. Намерение довести состав группы до четырех эскадрилий не был реализован, вместо этого позднее была сформирована новая 4-я эскадрилья.
Ситуация на фронте стремительно ухудшалась, немцы были вынуждены оставить Крым, и JG-52 перебазировалась в Румынию. В районе Ясс начались жестокие бои, прикрывать немецкие войска пришлось JG-52. Русская авиация имела многократный перевес, поэтому немецким летчикам приходилось работать на износ.
27 мая группа перебазировалась в Хуши и вернулась в бой. 29 мая унтер-офицер Хаас одержал первую победу. На следующий день группа сбила 19 самолетов в районе Ясс. Баркгорн записал на свой счет два Р-39. В этот же день только что произведенный в лейтенанты Эвальд одержал 22-ю победу. Вечером «Желтый-7» ефрейтора Флориана получил попадание в радиатор и сел на вынужденную недалеко от Ясс. Пилот пропал без вести.
31 мая Баркгорн и его летчики прикрывали вылеты короля пикировщиков Ханса-Ульриха Руделя из III/SG-2. Бои над рекой Прут начались рано утром 31 мая. Первую победу в этот день в 04.12 одержал обер-лейтенант Фённекольд. Следующим стал Баркгорн, который сбил Р-39 в районе Хуши в 05.38. Через 7 минут он сбил еще один Р-39, в 6.10 был сбит Ил-2, а потом Як-9. В этот день все шло гладко, даже слишком гладко. Одержав 273-ю победу, Баркгорн устал и расслабился, поэтому он не проявил обычной внимательности. Но для истребителя потеря концентрации даже на несколько секунд может стать роковой.
Примерно в 18.00 немцы возвращались уже из шестого вылета за этот день, сказывалась усталость, и внимание притупилось. Однако Хартман заметил противника и сообщил по радио, что их догоняют русские истребители.
Позднее Баркгорн признался, что совершил грубую ошибку, решив, что это лишь возможность одержать очередную победу. В действительности у него на хвосте повисла «аэрокобра». «Я получил предупреждение, что рядом русские истребители, но я слишком устал, и внимание рассеялось. Я не оглядывался. У меня было 273 победы, и, как мне помнится, я думал, как получить 275 и чуть позднее 300. Но в результате я сам стал чьей-то победой». Очередь Р-39 ударила по Ме-109G-6 № 163195 «Двойной шеврон-5». Баркгорн был ранен в правую руку и ногу.
Инстинктивно Баркгорн до отказа толкнул ручку, бросая самолет в крутое пике. Хартман в это время сбил одну за другой три «кобры», но помочь командиру не сумел. Мотор его «христль» заглох на высоте около 2000 метров, и чистая фантастика то, что Баркгорну удалось посадить самолет на брюхо. Искалеченный «мессершмитт» пропахал землю на расстояние 100 метров и остановился. Баркгорн был ранен в правую руку, и у него была раздроблена правая коленная чашечка. Ампутации ноги удалось избежать, однако он три месяца провалялся в госпитале.
Получив первую помощь в Хуши, Баркгорн отправился для дальнейшего лечения в госпиталь люфтваффе в Балд-Висзее. Раны оказались серьезными, и он надолго выбыл из строя. В начале сентября в Бад-Висзее он стал свидетелем на свадьбе Хартмана. «Буби» хорошо использовал представившуюся возможность и обошел Баркгорна. 24 августа он одержал 301-ю победу. Баркгорн вернулся в свою группу только 24 октября, теперь она летала на Ме-109G-6 и Ме-109G-14. Так как Герд не до конца оправился от ран, ему пришлось ограничивать число вылетов. В ноябре 1944 года II/JG-52 прикрывала Будапешт вместе с венгерскими 101-й и 102-й истребительными группами. Лейтенант Тибор Тобак так описал свои впечатления от встречи с двумя лучшими асами мира:
«Они были настоящими летчиками. Баркгорн был живым олицетворением образа военного аристократа. По сравнению с ним Хартман казался, скорее, нарушителем военной дисциплины и кем-то вроде гражданского служащего, которого занесло на войну. Однако в небе между ними не было разницы, оба рвались к победе. Баркгорн был отличным стрелком, но метод атаки Хартмана, который стрелял в упор, всегда давал результат. Роль командира эскадрильи подходила ему идеально. Герд Баркгорн был более амбициозным и подходил для более высоких должностей. В их соперничестве не было никакой озлобленности, оба стали членами «Клуба 300».
Хартман писал: