Существовали и проблемы с эксплуатацией. Много самолётов простаивало из-за отсутствия резины. На 25 октября ГВФ имел 31 Ю-52, в том числе 23 исправных, но шесть из них были «разуты». Предлагалось даже заменить немецкие колеса на колеса от Ли-2. На авирембазе № 405 выполнили комплект чертежей. Но дальше дело не пошло. В Московском управлении было много аварий, в основном связанных с моторами. Наблюдалось выбрасывание масла, прогары поршней. Был один случай пожара в полёте.
Все это вполне объяснимо — не хватало опыта обслуживания моторов BMW 132, сделанные рембазами детали, естественно, оказались хуже оригинальных немецких. Запчастей к моторам вообще не хватало. Далеко не все из них научились копировать у нас — ведь исходная технология оставалась неизвестной. Ещё одна проблема: годы выпуска самолётов были обозначены на табличках, но никто не знал реального ресурса планеров и моторов. Большинство Ю-52 являлись совсем новыми, больше половины имевшихся в ГВФ машин собрали только в 1942 г, но эксплуатация в годы войны отличалась большой интенсивностью. Не позаботились немцы приложить к каждому брошенному «юнкерсу» его формуляр!
С 21 сентября 1943 г «Аэрофлот» возобновил регулярное движение на ряде воздушных линий. Ю-52 работали на трассах Свердловск — Красноярск и Куйбышев — Ташкент — Алма-Ата.
К зиме «юнкерсы» поставили на лыжи. Лыжи были разные: и от Ли-2 (их ставила база № 405), и от ТБ-1, и специальные. Последние разработали в НИИ ГВФ. Впервые их смонтировали на самолёте Л-23 в октябре 1943 г.
На 1943 г ставилась задача получить 25 КЗ- 52. План перевыполнили: по документам ВВС за год сдали ГВФ 27 «юнкерсов». На 1 января 1944 г в строю числились 29 Ю-52 (в том числе 21 исправный). Потеряли же всего один. 24 октября 1943 г самолёт Л-37 (пилот П.М. Никитин), совершая рейс Уфа — Челябинск, упал и сгорел у станции Аша. Экипаж погиб.
1. Бюккер Bti 181 «Бестман» на испытаниях в НИИ ВВС.
По мере того, как менялась военная ситуация, трофеев становилось больше. «Юнкерсы» продолжали поступать в ГВФ, восполняя сравнительно небольшие потери (за 1944 г лишились трёх самолётов, в 1945 г — двух). Число машин постепенно росло, но уже больше никогда не видели такого скачка в росте их парка, как после Сталинграда. На 1 июня 1944 г имелось 30 Ю-52, на 1 января 1945 г — 31. Согласно постановлению Государственного комитета обороны от 12 декабря 1944 г все трофейные Ю-52 и запчасти к ним полагалось сдавать в распоряжение ГУ ГВФ.
Новый виток в освоении трофейной техники пришёлся на конец боевых действий в Европе. Начали планомерно прочесывать захваченные заводы, аэродромы, институты в Германии. Оттуда в Советский Союз пошли многочисленные эшелоны, вывозившие самолёты, моторы, приборы, различные комплектующие, инструмент и приспособления, аэродромную технику. Везли всё: от чернильниц и карандашей до огромных ангаров. В нашем распоряжении оказались заводы со станками, инструментом, оснасткой, рабочими и инженерами, базы «Люфтганзы» и «Люфтваффе» с их запасами и персоналом, необходимая документация и чертежи. Теперь до отправки в СССР технику ремонтировали прямо в Германии, там же иногда проходил переучивание лётный состав. Конечно, не все захваченные машины передавались в ГВФ. Кое-что осталось у ВВС и авиации ВМФ, кое-что оставили новым союзникам — чехам и болгарам, кое-что попало в ведомственную авиацию (об этом позже). Тем не менее к 1 октября 1945 г парк ГВФ насчитывал уже 37 «юнкерсов». Из них пять совершенно исправных самолётов прибыли из Румынии (их изъяли по постановлению Союзной контрольной комиссии), а остальные в той или иной форме прошли через ремонтную службу ГВФ.
Теперь «юнкерсы» уже не сосредотачивались в Московском управлении. Уже с 1944 г ГВФ, изрядно пополнив свой состав Ли-2 и американскими Си-47, мог себе позволить оснащать ими и тыловые подразделения. Они начали оттеснять Ю-52 на окраины страны. Семь машин отправились в Туркмению на перевозку серы. Им предстояло стать заменой устаревшим и предельно изношенным Г-2 (ТБ- 3). Четыре Ю-52 работали там с конца 1944 г. Вернее, работали три — четвёртый долго ждал новые моторы. Один из этих самолётов (пилота Борового) разбился 15 марта 1945 г во время вынужденной посадки на двух моторах.
Дее машины прибыли в Якутию. Два самолёта в Таджикистане обслуживали линию на Куляб. Среди пилотов там работали две женщины. Одна из них, Комиссарова, погибла в катастрофе в 1945 г.