В мае 1946 г ВВС предложили отдать семь самолётов, находившихся в Чехословакии и требовавших ремонта. Ремонт вёл завод в Праге, который их и строил при немцах. Оплачивал работы из своего валютного фонда ГВФ. Эти машины прибыли в СССР уже на следующий год.
Си-204 пользовался хорошей репутацией у лётного и технического состава. Он обладал хорошей маневренностью, был несложен в управлении (немцы часто использовали их как учебные), отличался прекрасным обзором из пилотской кабины — весь нос был сплошь остеклен. Проблемы в основном связывались с моторами «Аргус», которые нередко глохли в полёте. Так, е марте 1947 г, проверяя в воздухе самолёт с подозрительно работавшим двигателем, попал в аварию пилот-инструктор Армянского авиаотряда Симонянц. На посадочном кругу двигатель то убавлял обороты, то вновь приходил в норму. Симонянц замешкался с посадкой, так как у него упорно не желала выходить правая стойка шасси. В итоге мотор встал на высоте около 100 м от земли. Недолетев до полосы, «зибель» врезался в большой сарай. Самолёт пришлось списать, находившиеся на борту люди (Симонянц, штатный пилот этой машины и механик) получили ранения.
В 1946 г в ГВФ поступили также лёгкие связные самолёты Физелер Fi 156 «Шторх» (у нас иногда писали «Аист», переводя название с немецкого) с тем же мотором «Аргус». Эта машина отличалась возможностью взлёта и посадки на очень маленьких площадках (за счёт хорошей механизации крыла). Всего их прибыло шесть штук. Все они попали в Латвийский отдельный авиаотряд. Потом одну машину забрали в НИИ ГВФ, где провели испытания, а затем использовали её как учебную. Но летали «Шторхи» у нас довольно недолго. 27 июня 1946 г самолёт Л-556 потерпел катастрофу. В Виндаве на нем изменили регулировку флеттнера элерона и решили провести контрольный облёт. В кабину к пилоту Сидорову напросились пассажиры — покататься: начальник аэропорта и шофёр. При резком развороте с подъёмом из-за перегрузки оторвалась половина предкрылка. Лётчик потерял управление, все погибли. Полёты на «Шторхах» временно запретили, а к концу года в пригодном для эксплуатации состоянии остались всего две машины: одна в Латвии и одна в НИИ.
Всего за 1946 г ГВФ получил один Ю-52, четыре Си-204 и шесть «Шторхов». Далее роль немецких самолётов в отечественной гражданской авиации неуклонно сокращалась. Высвободившиеся из расфомированных транспортных дивизий и полков (в них в середине войны превратили особые авиагруппы) Ли-2 и Си-47 вернулись на внутрисоюзные линии. Большой необходимости в немецких машинах уже не ощущалось. Начался процесс списания по износу, но пока ещё достаточно медленный. Некоторые самолёты передали в ведомственную авиацию.
28 июня 1947 г вышел приказ начальника ГУ ГВФ о списании и дальнейшем использовании трофейной техники. После дефектации к концу года списали девять наиболее изношенных Ю-52, ещё один разбили в аварии. На 1 декабря всего имелось 23 Ю-52 и семь Си- 204. В-34 и «Шторхи» сняли с эксплуатации в июне 1947 г. Впредь «юнкерсы» предписывалось использовать только как грузовые в отдалённых районах. Например, в Восточно-Сибирском управлении Ю-52 вошли в 10-й транспортный отряд и стали возить продовольствие на прииски.
В 1948 г ГВФ принял последний трофейный самолёт, единственный Си-204. Зато велось интенсивное списание: за год из списков исчезли 10 Ю-52 и четыре Си-204. В ноябре 1948 г новый начальник ГВФ Байдуков запланировал после поступления в 1-м квартале 1949 г первых Ан-2 полностью снять с эксплуатации «юнкерсы» и «зибели». Получение Ан-2 несколько задержалось, но от немецких машин в 1949 г действительно полностью отказались. По результатам проводившейся в мае того года переписи самолётов ГВФ в наличии оставались два Ю-52 (один подлежал списанию, второй долётывал ресурс в Восточной Сибири) и два Си-204 (оба подлежали списанию по износу). Сравнительно незадолго перед этим, 3 февраля, разбился ещё один Ю-52, Л-54. Пилот А.Ф. Базанов, летя из Читы в Красноярск, попал в сильный снегопад. В последний момент он увидел перед собой склон сопки и потянул штурвал на себя. Самолёт сбил несколько сосен и лишился шасси. Но пилот и бортмеханик остались живы и даже обошлось без травм. На 1 июня в списках самолётов ГВФ оставался один «Юнкерс» и один «зибель». К концу года не стало и их.
Но кроме ГВФ в стране имелась ведомственная авиация. У некоторых ведомств авиапарк был сравним с крупными управлениями «Аэрофлота». И среди этого парка существовал такой разнобой типов самолётов — немецкие, английские, американские, японские…