31 марта учебно-тренировочный истребитель был предъявлен на государственные испытания, а 5 апреля Юганов перегнал машину в ГК НИИ ВВС. Однако на госиспытаниях, которые прошли в период с 11 апреля по 2 июня, было установлено, что самолет УТИ МиГ-9 №01 (ТФ-1) не мог быть использован для тренировки и вывозки летного состава строевых частей ВВС в связи с отсутствием нужного обзора передней полусферы из кабины инструктора в самых ответственных на данном самолете моментах полета – на взлете и при расчете на посадку. Кроме этого на машине был выявлен ряд других дефектов. Таким образом, первый экземпляр учебно-тренировочного истребителя был забракован.
При постройке второго экземпляра самолета УТИ МиГ-9 (ТФ-2) замечания военных были учтены. На самолете значительно улучшили обзор из задней кабины за счет замены переднего бронестекла на обычное, снятия межкабинной перегородки и изменения обводов боковых стекол переднего фонаря. Помимо этого с самолета сняли бронирование, угол установки стабилизатора увеличили с 1°10' до 1°24\ а общий запас топлива довели до 1040 л.
Также на машине были установлены воздушные тормоза и подвесные топливные баки, которые, в соответствии с Постановлением Совета Министров СССР №493-192 от 11 марта 1947 г., должны быть установлены на самолетах МиГ-9 и сданы на госиспытания соответственно в марте и в апреле 1947 г.
Воздушные тормозные щитки были размещены так же, как на истребителе МиГ-9 №102002, который прошел с ними заводские испытания, но на государственные не передавался по причине необходимости срочной отработки вооружения. Управление тормозными щитками на машине ТФ-2 было возможно только из передней кабины. Пневмоси- стема самолета обслуживала управление воздушными тормозами, а также затормаживание колес при уборке шасси.
Цельнометаллические 260-литровые подвесные топливные баки (ПТБ) обтекаемой формы подвешивались на бомбодержателях на концах консолей крыла. Из подвесных баков топливо специальными перекачивающими электропомпами через обратные клапаны подавалось во вторые крыльевые баки. Поскольку расход топлива двигателями был меньше производительности электропомп, то излишек топлива поступал во 2-й фюзеляжный бак, откуда по шунтовой трубе перетекал обратно в ПТБ, что в свою очередь препятствовало переполнению 2-го фюзеляжного бака и вытеканию керосина через дренажную систему. Оба бака сбрасывались одновременно при открытии замков бомбодержателей, управляемых одним рычагом. Система открытия замков бомбодержателей – тросовая.
Второй опытный экземпляр учебно-тренировочного истребителя УТИ МиГ- 9 (ТФ-2) был закончен в производстве 15 июля 1947 г. и передан на заводские летные испытания. Ответственными за их проведение назначили ведущего инженера К.П.Ковалевского и летчика- испытателя А.Н.Чернобурова. Первый вылет машины состоялся 19 июля 1947г. Заводские испытания машины, на которых в общей сложности выполнили 13 полетов, завершились 23 августа, а 26 августа Чернобуров перегнал ее в ГК НИИ ВВС. Документация по результатам заводских испытаний поступила военным 3 сентября, и на следующий день начались повторные государственные испытания учебно-тренировочного истребителя, которые продолжались до 17 ноября 1947 г. Так как система катапультирования заводских испытаний еще не проходила, то на госиспытания она не предъявлялась.
В соответствии с утвержденной программой военным испытателям предстояло определить возможность использования самолета, после произведенных на нем переделок, для вывозки и тренировки летчиков строевых частей ВВС, проверить и оценить работу воздушных тормозов и системы подвесных баков. Вместе с этим необходимо было дать оценку работы силовой установки и спецоборудования, а также выявить эксплуатационные качества самолета. Ответственными за проведение госиспытаний назначили летчика-испытателя В.Г.Иванова и ведущего инженера М.Ф.Розанова, который также выполнял роль второго летчика.