В этом полете на посадке произошел несимметричный выпуск предкрылков на обеих плоскостях крыла. Только благодаря мужеству и хладнокровию всех членов экипажа удалось выполнить посадку и завершить этот первый полет опытного Ту-22М0, ставшего родоначальником семейства самолетов Ту-22М. Вторую опытную машину Ту-22М0 Веремей получил в свои руки в 1969 г. На этой машине он и его экипаж провели испытания по определению характеристик устойчивости и управляемости, испытания на прочность с расширением достигнутого диапазона высот и скоростей. На этом самолете впервые для Ту-22М был осуществлен выход на скорости, соответствующие значениям более 2М. В этом полете после снятия характеристик устойчивости и управляемости на высоте 13000 м из-за отказа системы наддува топливных баков произошло «складывание» фюзеляжных топливных баков. Несмотря на столь необычную коллизию, самолет благополучно приземлился на своем аэродроме. В том же году эту опытную машину Веремею пришлось сажать на аэродром ЛИИ МАП в условиях, ниже установленного метеоминиму (дождь, горизонтальная видимость менее 500 метров). Уйти на запасной аэродром не позволял слишком малый оставшийся запас топлива.
В следующем году при испытаниях первого опытного Ту-22М0 по программе выключения двигателя произошло самопроизвольное выключение второго двигателя. После перехода на аварийное питание экипажем были предприняты несколько попыток запуска двигателей на снижении с высоты 8000 м. Из-за дефекта в электросети самолета двигатели запустить не удалось. В дополнение на высоте 3000 м и вспомогательная силовая установка (ВСУ) не запустилась.
Командир и экипаж принимают решение садиться с выключенными двигателями, вариант весьма «острый» для такого самолета, как Ту-22М. К счастью, после пролета дальнего привода аэродрома, на высоте 500 м правый двигатель удалось запустить (это была 13 попытка запуска), экипаж выполнил посадку на своем аэродроме.
Вскоре Борис Иванович получает первый экземпляр самолета Ту-22М1 (вторая улучшенная модификация Ту- 22М). Самолет отличался от Ту-22М0 измененными обводами фюзеляжа, новым крылом и закрылками. На этой машине Веремей и его экипаж выполнил первый полет и провел полный объем испытаний новой автоматической системы управления АБСУ-145, провел испытания опытных двигателей НК-22 и системы ионизационного розжига форсажной камеры ТРДДФ, выполнил полеты на динамический потолок. В испытательном полете на этой машине при проверке двигателей НК- 22 с ионизационным розжигом форсажа, на динамическом потолке 17000 м при скорости, соответствующей М=0,9, в момент дачи РУД возник пом- паж двигателей. Двигатели были выключены, при этом один из двигателей вышел из строя. Исправный двигатель удалось запустить на высоте 8000 м. Посадку пришлось производить на запасной аэродром на одном двигателе в тумане, при высоте нижней кромки облаков 50 м и при видимости менее 500 м.
В следующем полете помпаж одного из двигателей возник на взлетном форсажном режиме, на второй половине разбега, на скорости отрыва, с оторванной от бетонки передней стойкой шасси. Двигатели были остановлены, и взлет был прекращен, машина была спасена. В испытательном полете по выбору законов системы штурвального управления на высоте 8000- 9000 м произошел отказ системы управления по продольному каналу, в результате машина с перегрузкой, близкой к отрицательной, резко перешла на снижение. Попытки экипажа превести Ту-22М1 в горизонтальный режим полета ни к чему не приводили, самолет «сыпался», не реагируя на отклонения штурвала, со знакопеременными перегрузками. Перед входом в облака был обнаружен отказ блока авиагоризонтов, что привело к отказу по системе управления.
Веремей отдал приказ штурману- оператору проверить канал питания гироскопов по цепи 36 В, 400 Гц и перейти на питание от резервного преобразователя, питающего гироскопию (эта операция должна была бы производиться автоматически по сигналу аппарата переключения преобразователей). После восстановления питания восстановилась нормальная работа системы управления.
В 1972 году на этой же машине при выполнении первого взлета в ходе полетов по программе доводочных работ новой системы управления в момент взятия колонки управления «на себя» на скорости отрыва самолета произошел отказ в продольном канале системы управления. Внешне отказ проявился в резком самопроизвольном отклонении упраляемого стабилизатора на максимальный угол до упора, что привело к отрыву Ту-22М1 с забросом самолета по углу атаки и перегрузке до критических значений. Произошло выключение демпферов по всем каналам управления рулевых агрегатов. Своевременное вмешательство летчика в управление самолетом предотвратило сваливание на крыло. Была набрана безопасная высота, и полет был благополучно завершен. После посадки дефект был найден и устранен и более не проявлялся.