Из-за второй кабины и увеличения веса всей конструкции самолета отказались от бронирования и четвертого (первого по полету) мягкого топливного бака, что уменьшило количество топлива на борту. Частично это было компенсировано установкой вместо мягкого бака герметичного топливного отсека Nq3 в хвостовой части (как у Су-7БКЛ) и возможностью подвески четырех ПТБ (четырех на 640 л или двух таких же и еще пары 950 литровых). Доработали и шасси самолета. Передняя нога со свободно ориентирующимся тормозным колесом КТ-100А была взята с Су-7БМ. На основные ноги установили новые колеса КТ-117 (880x230), оснащенные более энергоемкими тормозами, охлаждаемыми при посадке спиртоводяной смесью, которая подавалась на тормозные диски воздухом из тормозной системы колес через распыляющие форсунки. Это улучшило температурный режим как самого тормоза, так и всего колеса в целом, что препятствовало разрушению покрышки при ее перегреве и ускоряло готовность тормозов к повторному торможению, что было особенно важно для учебной машины, зачастую выполняющей в одном полете несколько заходов на посадку ("конвейер") с касанием колесами основных стоек ВПП и уходом на второй круг. Система работала как в автоматическом, так и в ручном режиме. Для улучшения взлетно-посадочных характеристик Су-7У оснастили двухкупольной парашютно-тормозной системой с контейнером в основании киля и стартовыми ракетными ускорителями СПРД- 110.
Система управления самолетом включала в себя автопилот с трехканальным демпфером. Управление автопилотом осуществлялось с пульта в передней кабине, но в случае необходимости инструктор мог его отключить. В качестве силовой установки на Су- 7У устанавливались ТРДФ АЛ-7Ф-1- 200, а в дальнейшем и АЛ-7Ф-1-250 с увеличенным ресурсом.
Для внутрисамолетной телефонной связи между членами экипажа, выхода "в свет" через радиостанцию и прослушивания звуковых сигналов спецназначения Су-7У комплектовался самолетным переговорным устройством СПУ-9. Для регистрации параметров полета самолет оснащался аппаратурой САРПП-12Г.
В кабине обучаемого устанавливалась головка стрелкового прицела АСП-5НД-7-У и прибор ПБК-2. С 12 серии АСП-5 был заменен более совершенным АСП-ПФ-7-У. С 14 серии было изменено расположение органов управления вооружением в кабине инструктора. В связи с увеличением взлетного веса самолета по отношению к Су-7БКЛ на 440 кг (а по сравнению с Су-7Б более чем на 20%) для сохранения приемлемых ЛТХ самолета (особенно дальности и продолжительности полета) максимальная масса бомбовой нагрузки Су-7У, подвешиваемой на держатели, была ограничена 500 килограммами (две 250 кг бомбы или четыре "сотки"). Система специального бомбардировочного вооружения осталась без изменений, и "спарка" могла использоваться как для обучения летчиков применению спецавиабомб, в качестве которых чаще всего использовались имитационные ИАБ-500, так и для подвески штатных изделий.
Неуправляемое ракетное вооружение (блоки УБ-16 с НАР С-5, С-24 или С-ЗК) можно было подвесить только на два подкрыльевых держателя. Артиллерийское вооружение Су-7У состояло из тех же двух 30 мм пушек НР-30. В процессе эксплуатации для облегчения самолета в строю левую пушку иногда снимали. В экспортном варианте Су-7УМК самолет оснащался радиоэлектронным оборудованием и системой вооружения, устанавливаемой на Су-7БМК.