1 июня 2005 г. истребитель JAS 39А (серийный номер 39184) из состава авиакрыла F17 участвовал в качестве «цели» в воздушном бою. Неожиданно отказала система управления. Попытки летчика восстановить работу системы управления оказались неудачными. Самолет стал медленно терять высоту, и летчик принял решение катапультироваться. Расследование аварии показало, что самолет совершал на высоте 5500 м пологое пикирование со скоростью, соответствующей числу М = 0,6. В момент «атаки» летчик, не убедившись в малой скорости, решил уклониться, переведя самолет в набор высоты под углом 60°. При этом появился сигнал, предупреждавший о недопустимо малой скорости. Для увеличения скорости летчик включил форсажный режим. Поскольку истребитель стал выполнять петлю, то в ее верхней точке скорость оказалась слишком малой, в результате чего самолет попал в перевернутый штопор и начал медленно снижаться. В отчете было отмечено, что истребитель можно было спасти, но из-за неквалифицированных действий летчика он был потерян.
19 апреля 2007 г. над полигоном «Видсел» потерпел аварию истребитель JAS 39С (серийный номер 39259) из состава авиакрыла F21. Летчик благополучно катапультировался и приземлился на ВПП. Расследование показало, что катапультирование произошло в результате случайного срабатывания катапультного кресла. Оказалось, что летчик комбинезоном потянул рукоятку системы катапультирования.
Произошло также несколько аварий, не повлекших за собой потерю истребителя. 17 ноября 2004 г. и 10 апреля 2007 г. произошли столкновения с птицами. В первом случае в правый воздухозаборник попала чайка, а во втором птица повредила нижнюю часть фюзеляжа под кабиной экипажа.
17 ноября 2008 г. во время тренировочного полета на борту самолета JAS39C (серийный номер 39230), из эскадрильи F17 возникли неполадки, и летчик был вынужден совершить аварийную посадку на вспаханное поле недалеко от авиабазы в Роннебю. Когда после посадки летчик выключил двигатель передняя опора шасси внезапно убралась и носовой обтекатель коснулся земли. Серьезных повреждений у самолета не было, летчик не пострадал.
Имели место и предпосылки к серьезным летным происшествиям. Так, 1 1 октября 2006 г. истребитель «Грипен», пилотировавшийся летчиком ВВС Чехии, участвовал в стрельбах по воздушным мишеням над полигоном «Видсел». Самолет Бомбар- дье «Лирджет» 35 буксировал две воздушные мишени: основная была на расстоянии 600 м от самолета, а резервная – в нескольких десятках метров. Летчик истребителя по ошибке принял резервную мишень за основную и открыл по ней стрельбу из пушки. Она была поражена, но несколько очередей прошло в 10 м от самолета «Лирджет» 35, экипаж которого ничего не заметил.
3 октября 2007 г. истребитель «Грипен» пролетел в опасной близости от пассажирского самолета SAAB 340, совершавшего полет из Ране- бю (Швеция) во французский г. Бром- ма. Экипаж самолета SAAB 340 был предупрежден системой TCAS о приближении другого самолета, летящего на той же высоте. Самолеты разошлись друг от друга на минимальном расстоянии.
Всего ВВС Швеции заказали 204 истребителя JAS 39 «Грипен», которые поставлялись тремя серийными партиями. Контракт на первую партию из 30 одноместных самолетов JAS 39А (серийный номера 39101 – 39130) был подписан в конце июня 1982 г. Первый самолет был передан шведским ВВС 8 июня 1993 г. Этот самолет имел серийный номер 39102 (серийный экземпляр 39101 остался на фирме в качестве демонстрационного). Последний истребитель из первой партии был поставлен 13 декабря 1996 г., т. е. спустя три с половиной года после начала поставок. Первый контракт предусматривал постройку 30 самолетов по фиксированной цене, что поставила фирму SAAB на грань банкротства, так как ей пришлось дополнительно тратить деньги на устранение многочисленных неполадок, особенно в системе управления. Если на постройку первого серийного самолета JAS 39А ушло 604 дня, то к моменту окончания постройки первой партии время сборки истребителя удалось уменьшить до 200 дней. Один истребитель JAS 39А из первой партии не достроили, поскольку его стали переделывать в двухместный вариант JAS 39В под серийным номером 39800. В результате получилось, что серийный номер 39130 так и не был присвоен ни одному самолету «Грипен».