В настоящее время к полетам на истребителе «Грипен» допускаются только те летчики, которые прошли шестимесячные курсы TIS 39:А, т. е. отлетавшие на нем не менее 60 ч и прошедшие обучение в течение 40 ч на тренажерах.
Активное использование тренажерных комплексов FMS и ММТ практически исключают процесс обучения на двухместном самолете JAS 39В; опытные летчики уже после 15 ч «полетов» на тренажерах переходят к самостоятельным полетам на одноместном истребителе JAS 39А.
В 1994 г. первые истребители «Грипен», полученные шведскими ВВС, поступили в центр боевой и тактической подготовки TU JAS 39. Первоначально он располагался на авиабазе в Мальмслэтте, что было удобно, так как рядом находились испытательная служба, принадлежавшая FMV, и завод фирмы SAAB (г. Линчёпинг). Сейчас центр TU JAS 39 находится на авиабазе в Сатенэсе. Его специалисты участвуют в подготовке летчиков, они также занимаются дальнейшим усовершенствованием истребителя «Грипен», в частности созданием новых типов вооружения и датчиков, командно-информационных систем и пилотажных стендов, оказывают помощь в планировании боевых заданий.
Первыми прошли переподготовку обе эскадрильи авиакрыла F7, до этого имевших на вооружении самолеты «Вигген». В конце октября 1997 г. этого добилась 2-я эскадрилья («Густав Блэ»), а год спустя – 1-я эскадрилья («Густав Рэд»).
В период с января 2000 г. по январь 2001 г. на самолеты «Грипен» перешло авиакрыло F10, дислоцированное на авиабазе в Энгельхольме (2-я эскадрилья «Йохан Блэ» и 1-я – «Йохан Рэд». Следует отметить, что 2-я эскадрилья стала первой, перейдя сразу со старых истребителей J35A «Дракэн» на самолеты JAS 39А «Грипен».
По первоначальным планам ВВС, к 2006 г. на вооружение планировалось принять 204 истребителя «Грипен», из них предполагалось сформировать шесть авиакрыльев (12 эскадрилий). Однако в марте 2000 г. шведский парламент принял решение уменьшить число эскадрилий до восьми. Предложено было расформировать авиакрылья F10 (авиабаза в Энгельхольме) и F16 (авиабаза в Уппсале). Это чрезвычайно дорогостоящее мероприятие, учитывая, что авиакрыло F10 уже завершило процесс переобучения, а авиакрыло F16 должно было стать третьим в ВВС, которое должно было получить самолеты «Грипен». Тем не менее правительство Швеции посчитало предложение парламента наилучшим решением в связи с трудностями в экономике. Таким образом, в начале 2007 г. в составе ВВС Швеции осталось восемь эскадрилий, сведенных в четыре авиакрыла – F4 (Эстерсунд), F7 (Сатенэс), F17 (Роннебю) и F21 (Лулео).
Одновременно было решено увеличить число истребителей в каждой эскадрилье с 16 до 24, так что число заказанных самолетов осталось неизменным. Но выполнить это решение не удалось, так как не нашлось средств на доработку до современного уровня первых серийных истребителей JAS 39А/В. Вместо переоборудования эти самолеты наметили передать в лизинг или продать иностранным заказчикам.
Несмотря на решение парламента, ВВС решили все-таки завершить переоснащение авиакрыла F10, после чего обе его эскадрильи передать в состав авиакрыла F17. Это авиакрыло состоит из эскадрилий «Квин- тус Рэд» (1-я) и «Квинтус Блэ» (2-я). В январе 2002 г. на авиабазу в Лулео прибыла эскадрилья «Урбан Блэ» (2-я) из состава авиакрыла F21. Эскадрилья «Урбан Рэд» (1-я) из авиакрыла F21 до начала 2004 г. продолжала летать на самолетах AJS 37 «Вигген», выполняя разведывательные задания, после чего стала использовать для этих целей самолеты «Грипен». Последним получило истребители «Грипен» авиакрыло F4: в июле 2002 г. была сформирована эскадрилья «Дэвид Рэд» (1-я), а в апреле 2003 г. – эскадрилья «Дэвид Блэ» (2-я).
К апрелю 2008 г. было построено 199 истребителей. 28 января того же года в ходе испытательного полета второго истребителя «Грипен», предназначенного для ВВС ЮАР, был преодолен рубеж в 100000 летных часов для всего парка самолетов.
В основу эксплуатации истребителей «Грипен» положена концепция BAS 90, предусматривающая возможность базирования на рассредоточенных аэродромах. В то время, как во многих странах для защиты авиационной техники служат укрытия (капониры), в Швеции отдали предпочтение защищать авиационную технику на открытом воздухе за счет рассредоточения. Война в Персидском заливе в 1991 г. показала, что самолеты иракских ВВС, размещенные в капонирах, были уничтожены в них с помощью высокоточного авиационного оружия. Это, по мнению шведских специалистов, подтверждает правильность выбранной концепции BAS 90, согласно которой, в случае войны все авиабазы должны полностью опустеть; каждое авиакрыло рассредоточит свои самолеты на небольших площадках в различных точках страны, для их взлета будут служить прямые участки шоссе.
Следует подчеркнуть, что впервые идея рассредоточения самолетов появилась и стала реализовываться в 1930-х годах.