В феврале 1953 г. на заводе №240 завершили постройку первого опытного экземпляра самолета Ил-40-1 с 2АМ-5ф и уже 7 марта начались заводские испытания. Летная часть программы началась 18 марта. Летали летчик-испытатель генерал-майор В.К. Коккинаки и инженер А.П. Виноградов (за «воздушного стрелка»). Ведущим инженером по испытаниям был А.И. Жуковский.
Программой заводских испытаний предусматривалась оценка основных летных данных самолета, характеристик устойчивости и управляемости, прочность самолета с подвесками (бомбы, ракетные снаряды, подвесные топливные баки) и без них при различных режимах полета, работоспособность вооружения, самолетного оборудования и т.д.
В ходе полетов были получены летные данные, в основном соответствующие постановлению Совета Министров и ТТТ ВВС. Однако при проверке работы пушечного вооружения стрельбой в воздухе в одном из полетов оба двигателя самопроизвольно резко сбавили обороты и затем и вовсе остановились. Кроме того, пламя от выстрелов ослепляло летчика, не давая возможности контролировать результаты стрельбы. Только благодаря запасу высоты и опыту В.К. Коккинаки удалось запустить двигатели в воздухе и благополучно возвратиться на аэродром.
Уже с 1 апреля началась обширная исследовательская работа по выявлению причин прекращения работы двигателей при стрельбе из пушек.
Оказалось, что к неустойчивой работе двигателей приводят пороховые газы, которые попадают в воздухозаборники двигателей во время стрельбы, а также обусловленные стрельбой скачки давления и температурные неравномерности в потоке на входе в воздухозаборники.
Многочисленные эксперименты с различного рода надульниками и насадками, устанавливаемыми на стволы пушек, положительных результатов не дали. Двигатели сбрасывали обороты даже при стрельбе только из одной пушки очередью в 5-10 снарядов. Стало ясно, что требуются более глубокие исследования с привлечением широкой кооперации научно-исследовательских и производственных организаций не только минавиапрома, но и других министерств. Исследования в этом направлении прекратили. Налет Ил-40-1 к этому времени составил 31 ч 58 мин (35 полетов).
В качестве временной меры в ОКБ-240 предложили заменить шесть пушек НР-23 с боекомплектом 900 снарядов на четыре пушки ТКБ-495А с таким же боезапасом. Батарея из четырех ТКБ-495А с темпом стрельбы 1300 выстрелов в минуту по секундному залпу и времени непрерывной стрельбы соответствовала требованиям ВВС и практически была равноценна шести НР-23 с темпом стрельбы 800 выстр./мин. Надеялись, что сокращение стволов несколько уменьшит влияние пороховых газов при стрельбе из пушек на работу двигателей. К тому же такая замена позволяла унифицировать некоторые узлы и агрегаты неподвижной и подвижной пушечной установки. Одновременно экономилось время и снижались затраты при опытном и серийном производстве.
Министр оборонной промышленности СССР Д.В. Устинов в своем письме от 18 июля 1953 г. на имя министра обороны СССР маршала Н.А. Булганина указывал, что: «В связи с возникшей трудностью отработки установки на самолете Ил-40 шести пушек НР-23, а также, учитывая, что установка пушек конструкции НР-23 конструкции Нудельмана не является перспективной, главный конструктор Ильюшин просит ему разрешить установить на самолет Ил-40 вместо 6 НР-23 четыре пушки т. Афанасьева, которые обеспечивают тот же секундный залп, что и 6 пушек НР-23. Одновременно Ильюшин просит перенести срок предъявления самолета на государственные испытания с июля на ноябрь с.г.».
Устинов предлагал поддержать предложение Ильюшина и рассмотреть подготовленный проект распоряжения Совета Министров СССР по этому вопросу.
Как следует из документов, примерно в это же время в полном соответствии с ранее принятыми планами, на заводе №240 был построен второй опытный экземпляр штурмовика Ил-40-2, который предназначался для установки и отработки на нем подвижного пушечного оружия. Первый полет по программе заводских летных испытаний Ил-40-2 совершил 19 августа 1953 г.
В связи проблемами при отработке неподвижных пушек на первом экземпляре самолета Ил-40-1, все работы по подвижной пушечной батарее на Ил-40-2 были остановлены.
По заявлению Ильюшина «при заданном размещении оружия не было найдено решение, обеспечивающее нормальную работу двигателей при стрельбе из подвижного оружия, /.../ предварительный поиск иных вариантов установки подвижного оружия положительных результатов не дал».