Пик потерь пришелся на 1985 г. Сначала с интервалом в две недели погибли два Ми-6 в районе Кабула. Затем взорвался в воздухе вертолет советников. Летом моджахеды подстерегли еще одну машину из той же эскадрильи, перевозившую большую группу местных комсомольских активистов. Дело было недалеко от Захары. Ми-6 шел между горами и был поражен выстрелом из гранатомета. Начался пожар. Поднялась паника. Правый летчик В.Беляков и штурман без разрешения выпрыгнули в надежде на парашюты, но спастись не смогли - вертолет почти падал, и купола наполниться не успели. А сохранившему хладнокровие командиру экипажа удалось посадить подбитый вертолет. Однако засада была устроена по всем правилам, и выбиравшиеся из горящей машины попадали под пули снайперов. Подоспевшим из Бахары танкистам удалось спасти немногих. 17 сентября взорвался в воздухе еще один Ми-6. Машина следовала из Кабула в Баграм, и на ее борту находилось более 20 бочек бензина. Из экипажа м-ра М.Грабо чудом удалось спастись только второму пилоту А.Смирнову, который выпал из пылающего, разрушающегося вертолета. (После этого случая летчик получил прозвище «незаконно живущий».) На этом беды 1985 г. не закончились. Вскоре произошла трагедия на площадке Пули-Хумри. На ее 350-метровую полосу попытался посадить свой Су-22 заблудившийся афганский летчик. В это время на старт выруливал Ми-6 командира кундузской эскадрильи м-ра Лапшина. На огромной скорости афганец таранил вертолет. Обе машины взорвались, не оставив шансов выжить кому-либо из экипажей. Досталось Ми-6 и от ПЗРК. В ноябре злосчастного 1985 г. ракета попала в вертолет над Кабулом. Экипаж спасся на парашютах, при этом командир приземлился прямо во двор штаба 40-й армии. В том же месяце недалеко от Кандагара был сбит вертолет заместителя командира эскадрильи 280-го ОВП Хорькова. Ракета прошла через всю машину и взорвалась в носовой части. Штурман корабля А.В.Щербаков был облит горящим керосином и погиб. Командир получил ожоги, а большинство членов экипажа были контужены. Никто из них не запомнил, как покидал гибнущий вертолет. Спастись помогло то, что взрывной волной выбило блистеры и аварийные люки.
Для противодействия ПЗРК и повышения боевой живучести на Ми-6 выполнялся «афганский» комплекс доработок. Прямо на местах базирования топливные баки стали заполнять пенополиуретановой губкой, призванной предотвратить взрыв. А вот для установки блоков АСО вертолеты перегонялись на 2-3 дня на территорию СССР в Кокайды. Известны случаи, когда своевременный отстрел тепловых ловушек спасал вертолеты от попадания ракет - экипажи п/п-ка В.Копца, м-ра Ведерникова, к-на А.Петренко хорошо помнят ощущения после обнаружения пуска по своему вертолету, когда оставалось только ждать, отсчитывая секунды, которые тянулись невероятно медленно. Уменьшить опасность поражения Ми-6 ракетами с инфракрасными головками самонаведения пытались и установкой ЭВУ, но эти устройства на тяжелых вертолетах не прижились.
Для снижения потерь применялись и тактические мероприятия. Экипажам при постановке задачи обязательно доводились разведданные о районах с высокой вероятностью обстрела силами ПВО противника, что позволяло проложить обходные, наиболее безопасные маршруты. С1985 г. тяжелые вертолеты стали сопровождаться Ми-8 или Ми-24. Еще в 1982 г. на Ми-6 перестали выполнять полеты на ПМВ. Набор высоты стали проводить в охраняемой зоне аэродрома. Постепенно нормой для крейсерского полета стали 4000-5000 м. Ми-6 позволял забираться и выше - более чем на 6000 м, что и выполнялось экипажами. Однако такие полеты в негерметичной кабине без кислородного оборудования были небезопасны, к тому же это противоречило существовавшей инструкции, оговаривавшей максимальную высоту полета в 4500 м. Чтобы снять это ограничение, осенью 1986 г. в Кагане были проведены специальные испытания с участием специалистов МВЗ им. М.Л.Миля. Итогом этой работы стало дополнение к Инструкции экипажу, которым устанавливалась максимальная высота полета 6000 м при взлетной массе не более 38 т (нормальная 40,5 т). Но это дополнение почему-то попало не во все части, а после окончания войны о нем и вовсе стали забывать, т.к. потребность в полетах на таких высотах отпала.