С 1986 г., когда угроза обстрела ПЗРК стала особенно сильной, абсолютное большинство полетов на Ми-6 стали выполнять ночью. Как правило, работали парами. Набрав в охраняемой зоне 2500 м, отходили от аэродрома с последующим набором высоты до 4200-4500 м. На этом эшелоне Ми-6 мог свободно лететь со скоростью 180-200 км/ч, что на 50-70 км/ч превышало возможности Ми-8МТ. При следовании в боевом порядке один вертолет шел на 300 м ниже другого с 5-минутным интервалом, сзади их прикрывала пара Ми-8. Бортовые огни включались только на взлете и посадке. радиопереговоры в воздухе сводили к минимуму. На посадке летчик отдавал ручку управления от себя, разгоняя машину до 270-280 км/ч, после чего опускал ручку «шаг-газ» вниз до момента расцепления муфт свободного хода, нажимал правую педаль до упора и закладывал глубокий крен с углом до 60° (максимальный угол, зафиксированный МСРП[*МСРП - магнитный самописец режимов полета. (Прим, ред.)], - 64°). Вертолет снижался по крутой спирали со скольжением и вертикальной скоростью до 30 м/с. Выводить машину начинали, когда до земли оставалось 500 м, а на высоте 150-200 м она переводилась на нормальный режим. Выполнение подобных «трюков» и днем требовало высочайшей выучки, что уж говорить о ночных полетах, когда пилотирование велось по приборам!
В этих условиях экипажам очень дорого приходилось платить за свои ошибки. В 1986 г. при посадке ночью в районе площадки Шахджой Ми-6 опустился с большой вертикальной скоростью и оказался буквально размазанным по земле. Выжить удалось только командиру и штурману. Как выяснилось, причиной катастрофы стала неправильная установка высотомера. В марте 1988 г. при ночной посадке в Файзабаде молодой летчик 181-го ОВП л-нт Захарченко рано снизился на посадочной прямой и на скорости 120 км/ч зацепился передней стойкой шасси за дувал. На этот раз из экипажа никто не погиб, но вертолет восстановлению не подлежал. И все же принятые меры позволили резко снизить потери - разбитый в Файзабаде Ми-6 стал единственной машиной этого типа, потерянной в 1987-88 гг.
В целом в Афганистане Ми-6 зарекомендовал себя очень надежной машиной. Одним из доказательств тому может быть случай, имевший «место июньской ночью 1988 г. Вертолет, управляемый экипажем к-на Некрасова, выруливал со стоянки, и никто не заметил, как хвостовой винт рубанул по лопасти стоявшей рядом машины. Ми-6 с грузом в 4,5 т поднялся в воздух, набрал заданный эшелон и ушел на Лашкаргах. Через какое-то время на стоянке появился с фонариком бдительный техник отряда, который обнаружил обломки лопастей и доложил о своей находке на КП. Связавшись с Лашкаргахом, выяснили - поврежденный вертолет благополучно прибыл к месту назначения. Его осмотр выявил, что все четыре лопасти хвостового винта обрублены на 200-300 мм.
Большая милевская машина оказалась и весьма неприхотлива в наземном обслуживании. Наличие на борту ВСУ АИ-8 позволяло при подготовке к полетам обходиться без аэродромных источников питания. Как и на других вертолетах, повышенное внимание уделялось чистоте воздушных, топливных и масляных фильтров, а проблемы при запуске двигателей в условиях жары и высокогорья решались известным способом - в их входные устройства вплескивали пару кружек воды. Слабым местом в конструкции Ми-6 оказалась передняя стойка шасси, поэтому при рулении по грунту ее старались поднимать. Выяснилось также, что хотя вертолет и оснащен весьма мощной противообледенительной системой, но при полетах зимой на высотах более 4000 м на нем происходит интенсивное нарастание льда, особенно на бортах (до 10 см).
Отказы в воздухе были очень редкими, и потери по таким причинам неизвестны. Даже если останавливался один из двигателей Д-25В, то второй выводился на повышенные обороты (автоматическая система на Ми-6 отсутствует, и эта операция выполняется вручную), что позволяло благополучно справиться со сложной ситуацией. Известно несколько таких случаев. Один из них произошел с экипажем к-на Н.И.Смирнова, когда груженый Ми-6 шел из Кундуза в Файзабад. Командир принял решение садиться на автомагистраль неподалеку от блокпоста. Оттуда вскоре после посадки к вертолету подъехал танк, который расчистил от стоявшей у обочины разбитой техники более чем 3-километровый участок дороги, и Ми-6 своим ходом прорулил на территорию поста. Там авиаторы быстро устранили неисправность и продолжили выполнение задания. Еще один инцидент имел место мартовской ночью 1988 г. с экипажем м-ра Гордеева. При подходе к площадке Шахджой началась вибрация левого двигателя. Перевод на малые обороты привел сначала к уменьшению вибрации, но вскоре она возобновилась с нарастающей силой.