Передав функции военного контроля в ведение ВЧК, Регистрационное управление вплотную занялось добычей и анализом информации военного характера. Со второй половины 1919 года оно начало создавать свои нелегальные резидентуры не только на территориях бывшей Российской империи, но и в отдельных странах Европы. Основными каналами эффективной переброски разведчиков стали каналы Коминтерна, а подавляющее большинство разведчиков и резидентов, работавших на Регистрационное (Разведывательное) управление РККА и впоследствии на Иностранный отдел ВЧК (ОГПУ, НКВД), были иностранными коммунистами. Эти люди отлично знали языки, культуру, традиции и образ жизни в европейских странах и начинали карьеру разведчиков по линии Коминтерна из идеологических соображений. Именно они впоследствии составили цвет советской нелегальной разведки в 1920-1930-е и многие последующие годы, названные эпохой великих нелегалов.
В Москве 8-11 декабря 1919 года прошло секретное совещание сотрудников центрального и армейского аппаратов Региструпра с участием представителей зарубежных бюро РКП(б). На совещании была принята «Инструкция о взаимоотношениях Региструпра Полевого штаба РВСР с зарубежными бюро РКП(б)». Согласно этой инструкции зарубежные бюро, работавшие под руководством ЦК РКП(б), обязывались переправлять Региструпру все добытые сведения и материалы, а также вербовать людей для работы за пределами России. В свою очередь, Региструпр должен был содействовать вербовке сотрудников для самих зарубежных бюро, снабжать их деньгами, документами, техническими средствами и инструкциями.
С 1 января 1920 года основной задачей Региструпра в сотрудничестве с Коминтерном стало выяснение военных, политических, дипломатических и экономических планов и намерений стран, враждебно действующих против РСФСР, а также отдельных групп и классов, могущих нанести вред Советской республике.
Еще более секретная сторона деятельности Региструпра и ИККИ касалась проведения боевых операций (активной разведки) в тылу неприятеля в зависимости от международного положения. Под термином «активная разведка» в те годы скрывались силовые диверсионно-террористические методы, использовавшиеся при захвате «языка», ликвидации руководителей вражеских военных и административных структур, парализации коммуникаций противника, деморализации его войск, а также организация партизанских отрядов.
В конце 1919 года по инициативе Иосифа Уншлихта, на тот момент заместителя председателя Совета обороны Литовско-Белорусской ССР (позже, в апреле 1921 года, он станет заместителем председателя ВЧК – ГПУ), началось создание одной из самых секретных специальных служб в истории нашей страны – Нелегальной военной организации (НВО). Она вела диверсионную, террористическую и повстанческую деятельность на территории Белоруссии, оккупированной польской армией. О ее создании и задачах знало только высшее военно-политическое руководство РСФСР. Об этой структуре не был проинформирован даже командующий Западным фронтом М.Н. Тухачевский. В отрядах Нелегальной военной организации основную силу составляли бывшие боевики Партии социалистов-революционеров, Коммунистической партии Литвы и Белоруссии и Еврейской социал-демократической партии «Поалей Цион». Деятельностью НВО руководили А.К. Сташевский, Б. Б. Бортновский, С.Г. Фирин. Впоследствии на основе опыта НВО строились аппараты нелегальных военных организаций компартий и в некоторых других европейских странах.
Семнадцатого марта 1920 года В.И. Ленин направил Сталину шифрованную телеграмму, в которой писал: «Только что пришло известие из Германии, что в Берлине идет бой и что спартаковцы завладели частью города. Кто победит, неизвестно, но для нас необходимо максимально ускорить овладение Крымом, чтоб иметь вполне свободные руки, ибо гражданская война в Германии может заставить нас двинуться на запад на помощь коммунистам». На фоне громких немецких событий тихо и незаметно в Палестину из Кракова «эмигрировал» оперативный сотрудник Коминтерна Иосиф Бергер, который затем стал основателем компартии Палестины и ее генеральным секретарем.
Второй конгресс Коминтерна (19 июля – 17 августа 1920 г.) установил для партий, входивших в его состав, «Двадцать одно условие приема», которые были изложены в резолюции 6 августа 1920 года. Эти условия включали: признание диктатуры пролетариата как главного принципа революционной борьбы и теории марксизма; полный разрыв с реформистами и центристами и изгнание их из рядов партии; сочетание легальных и нелегальных методов борьбы; признание демократического централизма как главного организационного принципа партии; верность принципам пролетарского интернационализма и др. По мнению руководителей РКП(б) и Коминтерна, они были призваны оградить Коминтерн и коммунистические партии от проникновения в их ряды не только открытых оппортунистов, но и сторонников компромисса с изменниками пролетарскому делу.