В декабре 1918 года в ВЧК был создан Военный отдел, в ведение которого из Регистрационного управления передана вся контрразведывательная работа в Вооруженных силах. В январе 1919 года появляется Особый отдел ВЧК для борьбы с контрреволюцией и шпионажем в армии и на флоте. Решение о передаче контрразведывательной работы в армии чекистам стало следствием серьезной внутрипартийной и межличностной борьбы в верхних эшелонах РКП(б). Аппарат особых отделов не только выполнял контрразведывательные функции, но и надзирал за лояльностью командного состава Красной армии. К тому времени Л. Д. Троцкий привлек на службу в Красную армию десятки тысяч бывших царских офицеров, но не все из них служили большевикам из принципиальных соображений. Случаи измены военнослужащих, перехода на сторону белых целых подразделений были нередки. В июле 1919 года арестовали на восемь месяцев главнокомандующего Вооруженными силами Республики бывшего полковника русского Генерального штаба И.И. Вацетиса. Ожесточенная борьба за военную контрразведку между группировками Троцкого и Дзержинского фактически являлась борьбой за информацию о настроениях в Красной армии. В форме особых отделов руководство РКП(б) постепенно восстановило в армии систему органов политической полиции, бездумно ликвидированную в свое время не блиставшим политической прозорливостью российским императором Николаем II.
Одновременно с этим возникает критическая ситуация на фронтах внутренней – Гражданской – войны. В 1919 году на территории России насчитывалось примерно 1200 тысяч штыков в составе Красной армии, примерно 1500 тысяч штыков в Белой армии, и к тому же на территории бывшей Российской империи находилось около двух миллионов интервентов.
В критический момент четко сработало чутье Старика, как именовали В.И.Ленина старые товарищи по партии. Создание Коминтерна оказалось столь эффективным и внезапным, что даже многие партийцы с солидным стажем не сразу поняли истинный смысл создания «штаба мировой революции», когда русской революции грозила смертельная опасность. Но именно создание Коминтерна позволило за неполные два года заставить покинуть Россию подавляющее большинство иностранных интервентов. Волна революционных процессов, прокатившаяся по европейским странам, вынудила правительства этих стран в спешном порядке отозвать свои оккупационные легионы из России обратно на родину. Одновременно с этим активные межпартийные связи позволили создать широчайшую сеть «вовлеченных структур», которая могла решать практически любые задачи. В структурах Коминтерна нашли воплощение специальные комиссии, уже существовавшие в рамках партийного аппарата.
Уже в сентябре 1919 года В.И. Ленин принял решение создать в Берлине постоянную резидентуру Коминтерна (будущий Западноевропейский секретариат ИККИ) и назначить ее руководителем Я.С. Рейха.
Рейх Яков Самуэлович (1886–1956). Участник боевой организации анархистов в Варшаве в 1905–1906 годах, был сотрудником миссии Берзина в Швейцарии в 1918 году. Первый руководитель Западноевропейского секретариата ИККИ в период 1919–1921 годов. Представитель Отдела международных связей (ОМС) в Берлине, секретарь Контрольной комиссии ИККИ, уполномоченный Малого бюро в Западной Европе. В период 1923–1925 годов издатель немецкой версии журнала «Коммунистический интернационал».
В своих воспоминаниях Рейх писал: «Меня как-то ночью вызвал к себе Ленин – и с места в карьер: “Вы должны ехать в Германию… Ставить работу Коминтерна надо именно на Западе, и прежде всего в Германии. А там без опытных старых подпольщиков ее не поставить. Их надо высылать из Москвы”. Инструкции Ленина были кратки: “Возьмите как можно больше денег, присылайте отчеты и, если можно, газеты, а вообще делайте, что покажет обстановка. Только делайте!” Сразу же написал соответствующие записки Дзержинскому и Ганецкому, который отвечал тогда за секретную партийную кассу».
В структуре Коминтерна был создан военно-конспиративный отдел, который возглавил руководитель советской военной разведки Ян Берзин, а его заместителем стал чекист Артур Артузов. Сложился так называемый оперативный триумвират, когда каналы политической и военной разведок тесно переплелись с секретными каналами международных партийных структур.