Между тем он узнал, что был избран от своего родного департамента Нижние Пиренеи в Совет пятисот. Напомнив о себе несколько раз военному министру и ссылаясь на некомпетентность местных немецких врачей, но, тем не менее, отдохнув и окрепнув в Симмерне, он с нетерпением ринулся в Париж.
Францией сверху донизу овладела апатия. Все критиковали правительство — Директорию, но никто ничего не хотел делать. Сама власть тоже была полностью парализована, и высшие чиновники с безразличием наблюдали за тем, как страна катится в пропасть. Недовольство властью было всеобщим. У всех на устах были новости о перевороте, даже Жозеф и Люсьен Бонапарты высказывались за это. В Париже Бернадот присоединился к неформальной группе оппозиционных генералов, в которую входили Жубер, Журдан, Брюн и др. Генералы критиковали некомпетентные действия правительства, головотяпство ее комиссаров в армиях и требовали смену руководства страной.
В итоге произошёл военный переворот от 30 прериаля (18 июня). В перевороте приняли участие политические силы самых разных оттенков и толков, объединённые ненавистью к прогнившей власти. По воспоминаниям Барраса, не последнюю роль в перевороте сыграл и Бернадот как командир 17-й (парижской) дивизии, хотя первую скрипку играл Жубер. Бернадот предпочёл остаться в тени.
Директория кооптировала в свой состав деятельного и способного аббата Эммануэля Жозефа Сиейеса (1748–1836), бывшего жирондиста и посла в Берлине, сумевшего избежать в эти бурные годы и ареста, и гильотины. Сиейес энергично взялся за реформу правительства, уволил Талейрана (двое честолюбцев-расстриг в одном правительстве вряд ли могли ужиться), который стал брать взятки почти открыто, дал пост министра полиции "мяснику из Лиона" Жозефу Фуше и ввёл в состав Директории трёх новых членов — Гохье, Рожера Дюко и генерала Мулена, усилив таким образом в ней якобинское влияние. Совершилась т. н. малая революция.
Основное внимание правительство Сиейеса должно было уделить армии и ведению войны. Благодаря влиянию Жозефа и Люсьена Бонапартов в Совете пятисот и своему вкладу в переворот, Бернадот получил предложение возглавить военное министерство. Баррас утверждал потом, что Бернадот был его кандидатом на этот пост, в то время как Сиейес и Рожер-Дюко пытались продвинуть на этот пост врага Бернадота и Клебера, бывшего интенданта Александра. Бернадот отлично представлял обстановку в стране и в армии и сначала это предложение отклонил. Он не желал становиться "мальчиком для битья" и понимал, что в своей работе в военном министерстве столкнётся с непреодолимыми трудностями — в первую очередь в лице самой Директории. Но на него "навалились" свояки Бонапарты, члены Директории, генерал Жубер и супруга Дезире, так что после интенсивных переговоров 2 июля 1799 года он стал военным министром Франции.
Историки утверждают, что в истории Франции не было ещё ни одного военного министра, который бы принимал руководство министерством в таких критических обстоятельствах. Поражения французских армий в Германии и Италии, гражданская война внутри страны, на границах коалиционные армии противника, отсутствие порядка и продовольствия, полная деградация власти, разложение армии и упадок духа у населения, — вот далеко не полный список проблем, перед которыми оказался Бернадот, когда принял портфель военного министра Франции.
2 июля Бернадот приступил к исполнению своих обязанностей. С собой в министерство Жан Батист взял своих старых друзей и единомышленников: Жерара, Мэзона, Морэна, Сарразэна. Свояки Жозеф и Люсьен предприняли попытку продвинуть на ключевые посты военного ведомства своих людей с Корсики, но новый министр отбил все их атаки и сохранил за собой полную свободу действий. Если он кому и симпатизировал после переворота, то это были якобинцы типа Журдана, Ожеро и Шампионне.
На посту военного министра Бернадот пробыл всего два с половиной месяца. Что же удалось ему сделать за такое короткое время? Наполеон считал его деятельность сумбурной и дилетантской и что "…он