По мнению немецкого историка А. Имхофа, стиль работы нового военного министра был похож на стиль работы Л. Карно. Бернадот вставал каждый день в три часа утра и отправлялся на работу. В 4.00 он был уже на месте и работал до 19.00–20.00. От своих подчинённых он требовал работы с семи часов утра до десяти часов вечера. Тех, кто не справлялся со своими обязанностями или не выдерживал такой нагрузки, он нещадно увольнял. С первых же дней новый министр повёл жесточайшую войну с казнокрадами, ворами, взяточниками и прочими нечестными чиновниками, засевшими в министерстве. Он вступил в войну с бюрократией и пытался сделать так, чтобы все дела и бумаги были разобраны и на все входящие письма были даны ответы не позже суток после их поступления. Он потребовал от казны предоставить ему наличные денежные суммы, приступил к закупкам одежды и обмундирования и стал наводить порядок в интендантствах.
Дома после работы он почти всегда заставал у себя Жозефа с женой, но старший Бонапарт явно ошибался, если думал, что свояк будет плясать под дудку корсиканцев. Уже через месяц, 6 августа, он представил Директории доклад, содержавший анализ положения страны, состояния армии и перечень мер, которые было необходимо принять. Лейтмотивом доклада стало восстановление мощи армии, её удовлетворительное снабжение, вооружение и обучение.
Министр отправил в действующую армию на Рейн и в Италию линейные полки, которые трусливая Директория, опасаясь за свою власть и жизнь, стянула внутрь страны. Он установил тесный и перманентный контакт с властями в департаментах страны, вступил с ними в постоянную переписку, а когда и где было нужно, выезжал на места сам и своими зажигательными речами всегда способствовал успеху того или иного предприятия. В газетах Франции в этот период регулярно появлялись распоряжения военного министра, его приказы, памфлеты и статьи. Своей агитацией он хотел возбудить в стране старый якобинский дух, который увял за годы Директории.
Фронты получили в это время примерно 100-тысячное подкрепление. Когда Бернадот покидал свой пост, французская армия в целом, включавшая Рейнскую, Дунайскую, Альпийскую, Итальянскую и Английскую армии, насчитывала около 430 тысяч человек, из которых примерно половина находилась на фронтах. Новый министр практически реорганизовал все рода войск и сумел вдохнуть в разложившуюся армию новый дух. Он планировал реформировать систему снабжения армии, но не успел. Он вернул талантливого Жубера на пост главнокомандующего Итальянской армией и расставил также на руководящие должности Брюна, Моро и Шампионне.
К заслугам Бернадота как министра принадлежит спасение им от смертной казни более 2 тысяч участвовавших в беспорядках жителей Тулузы. К нему как-то пришёл министр юстиции и спросил, как следовало поступить с теми тулузцами, вина которых была не так уж велика.
— Отпустите их, — ответил военный министр.
Министр юстиции собрался уже уходить, но остановился в дверях и спросил:
— А что делать с теми, кого взяли с оружием в руках?
— Если они пустили оружие в ход, то единственным наказанием для них может быть лишь поступление на службу в армию, — ответил Бернадот. — Всех прочих отпустите домой.
Во время работы Бернадота в военном министерстве был случайно раскрыт роялистский заговор. Заговорщики послали пробное письмо Баррасу, но оно по ошибке попало к Сиейесу. Т. Хёйер описывает попытку вовлечения военного министра в якобинский заговор, когда к нему в сентябре 1799 года явилась депутация якобинских лидеров, обеспокоенных действиями министра полиции Фуше, направленными против их партии. Депутацию возглавляли Журдан, Ожеро и Саличетти. Они обвинили Барраса, Сиейеса и Фуше в узурпировании власти и попрании конституции и предложили Бернадоту войти в заговор и арестовать членов Директории. В новом якобинском правительстве Бернадоту была предложена ведущая роль. По воспоминаниям Сарразэна, Бернадот, Ожеро и Журдан должны были стать консулами, а сам мемуарист — военным министром. Бернадот тогда якобы отказался участвовать в "незаконном" заговоре, но заявил, что, как только сложит с себя обязанности военного министра, употребит всё своё влияние в армии на то, чтобы способствовать претворению якобинских планов в жизнь. Как конкретно он имел в виду способствовать "претворению якобинских планов" — путём военного переворота или захвата власти в парламенте, — не совсем ясно. Сарразэн утверждает, что Бернадот донёс о заговоре Баррасу и Сиейесу и тем самым сорвал замыслы заговорщиков. В своих поздних мемуарах кораль Карл XIV Юхан вспоминает, что в бытность свою военным министром Франции взвешивал возможность ограничить состав Директории тремя членами. Уж не отголоски ли это якобинского заговора?