В щекотливое положение попал Бернадот и в другой раз, когда скрывавшийся в Париже принц Энгиенский пришёл к нему и под обещание будущих почестей, власти и богатства попросил помочь ему укрыться от преследования Директории. Бернадот, сославшись на присягу Республике, порекомендовал принцу немедленно уехать из Парижа, ибо в противном случае он будет вынужден отдать приказ о его аресте. Военный министр в данном случае не хотел рисковать своей карьерой, считая момент для переворота слишком неудачным.
Бернадот колебался. Мешала ли ему сделать выбор приверженность к конституции, законности и порядку? Или главной причиной была его природная осторожность и нерешительность? Как бы то ни было, но он оставлял двери открытыми и для роялистов, и для их противников.
Уходя с поста военного министра осенью 1799 года, он не обогатил свой личный карман ни одним су. Сиейес ревниво следил за деятельным министром, и его личная неприязнь к Бернадоту тоже сыграла свою роль в отставке.
Как и предполагалось, Бернадот оказался слишком честным и самостоятельным для Сиейеса: когда Сиейес стал предпринимать попытки сделать военного министра орудием исполнения своих личных планов, терпение Бернадота лопнуло, и он подал в отставку.
Отставка была оформлена в лучших иезуитских традициях. 14 сентября 1799 года, во время беседы с Бернадотом по поводу организации т. н. Северной армии, Сиейес, наградив его лицемерными комплиментами о заслугах на посту военного министра, сказал с масляной улыбочкой на губах:
— Нас не удивит, что человек с вашими полководческими талантами сохранил желание при уходе из министерства принять командование над какой-либо армией, которое воодушевит вас…
Бернадетт ответил, что после того как он привёл министерство в надлежащий порядок, его лучшей наградой будет возвращение к своим братьям по оружию. Он и понятия не имел, что этот ответ послужил его ходатайством об отставке. Уже на следующее утро он получил от Сиейеса следующее послание:
Самое удивительное было в том, что на письме была сделана резолюция: "