На заседании Ставки 1 апреля Сталин приказал командующему 1- м Украинским фронтом разработать и такой вариант действий 3-й и 4-й гвардейских танковых армий, когда они после прорыва оборонительного рубежа на Нейсе будут обязаны нанести концентрический удар по Берлину с юга.
Хотя штурм Кенигсберга был назначен Военным советом 3-го Белорусского фронта на 6 апреля, за четверо суток до его начала фронтовая авиация и артиллерия принялись методически разрушать разведданные долговременные оборонительные сооружения Восточно-Прусской цитадели. Результаты проделанной «работы», заснятые воздушной разведкой на пленку, ежедневно тщательно анализировались маршалом Василевским, и последующие действия бомбардировочной авиации в глубине вражеской обороны строго корректировались фронтовым штабом.
Весь день 2 апреля и следующую ночь командующие 1-м Белорусским и 1-м Украинским фронтами Жуков и Конев продолжали отработку своих фронтовых планов по Берлинской операции в соответствии с директивами Ставки. Окончательно уточнялись вопросы взаимодействия с авиацией, обеспечения боеприпасами, горючим, мостовым хозяйством. Огромной проблемой для маршала Конева стала предстоящая переброска на Котбусское направление 28-й и 31-й армий генералов Лучинского и Шафранова из состава 3-го Белорусского фронта. На рассвете 3 апреля оба командующих ударными фронтами вылетели из Москвы на передовую.
Решение командующего 1-м Белорусским фронтом маршала Жукова на Берлинскую операцию включало нанесение главного удара силами четырех общевойсковых и двух танковых армий с Кюстринского плацдарма с целью разгрома вражеской группировки, прикрывающей Берлинское направление и овладения столицей Третьего рейха. Для обеспечения успеха главной ударной группировки, по замыслу командующего фронтом, севернее и южнее ее полосы прорыва наносилось два вспомогательных удара. При общей глубине операции сто шестьдесят пять километров и ее продолжительности двенадцать - пятнадцать дней темп наступления стрелковых соединений планировался одиннадцать - четырнадцать километров.
Решение командующего 1-м Украинским фронтом Конева на Берлинскую операцию включало нанесение главного удара силами 3-й гвардейской, 13-й и 5-й гвардейской общевойсковых армий, 3-й и 4-й гвардейских танковых армий Гордова, Пухова, Жадова, Рыбалко и Лелюшенко из района Трибель в направлении Шпремберг, Бельциг с целью разгрома группы армий «Центр» Шернера в районе Котбуса и южнее Берлина, и прорыва на десятый - двенадцатый день операции к рубежу Беелитц - Виттенберг - Дрезден.
При глубине операции сто пятьдесят километров суточный темп наступления для стрелковых дивизий был установлен четырнадцать, для подвижных - тридцать километров.
Завершив Восточно-Померанскую наступательную операцию, войска Рокоссовского без всякой оперативной передышки включались в подготовку Берлинской операции. Согласно директиве Ставки, 2-му Белорусскому фронту следовало в кратчайшие сроки перегруппировать главные силы на запад, на Штеттин - Ростокское направление, и сменить группировку 1-го Белорусского фронта на исходном, одерском рубеже: Кольберг - Штеттин - Шведт.
Всего сутки назад войска наступали на восток, освобождая от врага балтийское побережье. Теперь их надо было повернуть лицом на запад и форсированным маршем преодолеть свыше трехсот километров. Это был сложный маневр войск целого фронта, аналога которому не случалось ни в одной предыдущей наступательной операции. Из-за крайне ограниченных возможностей железных дорог командованием фронта было решено перевозить эшелонами лишь тяжелую артиллерию, танки и САУ. Стрелковые соединения перебрасывались комбинированным способом, перекатом - то на колесах, то пешком.
План операции войск 2-го Белорусского фронта заключался в нанесении главного удара силами 65-й, 70-й и 49-й армий; 1-го, 8-го и 3-г о гвардейских танковых, 8-го механизированного и 3-го гвардейского кавалерийского корпусов на участке Альтдамм - Ниппервизе с дальнейшим развитием наступления в общем направлении на Нойштрелитц. На двенадцатый - пятнадцатый день операции войска фронта должны были выйти на рубеж Нойенкирхен - Деммин - Мальхин - Варен - Виттенберге.
После прорыва Одерского оборонительного рубежа и ввода в бой подвижных соединений наступление главных сил 2-го Белорусского фронта должно было развиваться в западном направлении с целью отсечения 3-й танковой армии Мантейфеля от Берлина и уничтожения ее в прибрежных районах Балтийского моря. Успешное выполнение этих задач облегчало маневр войск правого крыла 1-го Белорусского фронта, осуществлявших охват Берлина с севера.