На этапе заводских испытаний было выполнено 46 полетов, после чего 15 ноября 1953 года бомбардировщик передали в НИИ ВВС на государственные испытания. Испытательную бригаду возглавил инженер Б.А. Неверов, а ведущими по самолету были летчики В.М. Шульгин и А.К. Стариков, вторые пилоты Горбачев и Рыбкин, штурман-навигатор И.Н. Имфимовский и штурман-оператор Р.Н. Семовских, стрелок-радист Р.Х. Абдеев и воздушный стрелок В.П.Петриков.
В ходе государственных испытаний, завершившихся 30 мая 1953 года, на машине выполнили 79 полетов. Несмотря на то что самолет продемонстрировал высокие летные данные, он испытания так и не выдержал. Причин для столь суровой оценки было немало, и прежде всего Ту-16 в предъявленном виде не мог решать поставленные перед ним задачи. Из-за недоведенного радиолокационного прицела «Рубидий ММ-2» невозможно было осуществлять не только прицельное бомбометание в сложных метеоусловиях и ночью, но и с достаточной точностью выходить в район цели. Ненадежно работали опытные пушечные башни и прицельные станции ПС-48ММ. Плохая работа стрелкового радиолокационного прицела «Аргон» не обеспечивала надежную защиту от истребителей противника. Оставляла желать лучшего и работа топливной аппаратуры, снижавшей приемистость двигателей. Более того, из-за установленных главным конструктором ограничений в полете с максимальным весом летчик не имел необходимого запаса скорости при наборе высоты и в горизонтальном полете на высотах ниже 9500 метров.
Отмечалось и несоответствие некоторых летных данных заданным постановлением правительства. Так, длина разбега превышала задание минимум на 520 метров. Максимальная техническая дальность при полной выработке топлива была на 400 км ниже, а потолок над целью не превышал 12 200 вместо 13 000 метров. В итоге самолет вернули ОКБ-156 для устранения выявленных дефектов и недостатков.
Опытная машина оказалась перетяжеленной, за что в марте 1953 года приказом министра А.Н. Туполеву и ведущему конструктору Д.В. Маркову наложили взыскание. Потолок и дальность оказались ниже заданных. В связи с этим в ОКБ-156 начался поиск резервов веса, счет шел на килограммы.
Вторую машину, также построенную на опытном заводе № 156, облегчили, снизив вес конструкции на 3900 кг, и, исходя из условий прочности, уменьшили на 1970 кг запас топлива. В итоге максимальный взлетный вес удалось снизить с 77 430 до 71 560 кг. По этой же причине заправка топливом ограничивалась 36 200 литрами при нормальной бомбовой нагрузке 3000 кг. В то же время на перспективу установили дополнительные топливные баки в отъемных частях крыла, что увеличило емкость топливной системы с 38 200 до 43 900 литров.
Удлинение носовой части на 200 мм повысило комфорт экипажа и добавило необходимые объемы для размещения дополнительного оборудования. Установили (отсутствовавшие на опытной машине) верхнюю ДТ-В7, нижнюю ДТ-Н7С и кормовую ДК-7 подвижные пушечные установки, прицельные станции ПС-48М, радиолокационные прицелы РБП-4 «Рубидий-ММ-2» и радиолокационный прицел РПС-1 «Аргон» для кормовых орудий. Кстати, средняя дальность захвата «Аргоном» истребителя МиГ-17П достигала 2500, а сопровождения – 1600 метров.
Оптический прицел ОПБ-10С заменили векторно-синхронным ОПБ-11Р, сопряженным с РБП-4, а кислородные приборы КП-16 – на КП-24. Доработали узлы поясов лонжеронов, повысив надежность их соединений, и расширили гондолы двигателей, что упростило установку и демонтаж ТРД. Тогда же ввели блокировку рулевой машинки руля высоты при открытии створок бомболюка для уменьшения кабрирующего момента и многое другое.
В таком виде второй Ту-16 прошел со 2 апреля по 15 сентября 1953 года заводские и в апреле 1954-го государственные контрольные испытания. Однако, несмотря на существенные доработки машины, и на этом этапе выявились дополнительные дефекты. Прежде всего это помпаж двигателей АМ-3, и в январе на них пришлось расширять сопловые аппараты первой ступени турбины. Не справлялся со своими обязанностями автопилот АП-5–2М.
В заключении акта по результатам государственных испытаний отмечалось, что летно-технические данные второго экземпляра Ту-16 практически соответствуют постановлению правительства от 10 июля 1952 года, за исключением дальности, и бомбардировщик пригоден для принятия на вооружение ВВС при условии устранения отмеченных недостатков. Там же говорилось: