В конце июня построили второй бомбардировщик, командиром экипажа которого был летчик-испытатель ЛИИ М.Л. Галлай (второй пилот – Н.Н. Аржаков), а в августе – третий, экипаж которого возглавил А.Г. Васильченко. На воздушном параде в Тушино, состоявшемся 3 августа, зрители стали свидетелями пролета этой тройки Ту-4 – самолета, ставшего противостоянием «ядерной дубинке» США и созданного на деньги американских налогоплательщиков.
Все последующие машины из первых 20 после облета на заводском аэродроме перегонялись в ЛИИ, где они доводились и сдавались заказчику, и, надо сказать, не без труда. Например, к 18 ноября 1947 года завод № 18 выпустил 15 Ту-4. Из них два потерпели аварии из отказов моторов, гарантийный ресурс которых не превышал 25 часов. Кстати, на них устанавливались воздушные винты В-4 с ресурсом 50 часов, замененные в 1949 году на В3-А3 с ресурсом 300 часов.
Так, 16 сентября 1947 года на третьем самолете (заводской № 220101), экипаж которого возглавлял летчик А.Г. Васильченко (второй пилот – И.П. Пискунов, штурман – С.С. Кириченко, ведущий инженер – Д.ф. Гордеев, бортинженер – Н.И. Филизон и др.), в последнем полете по программе заводских испытаний загорелся третий мотор. Система пожаротушения оказалась неэффективна, вдобавок не удалось зафлюгировать лопасти винта неисправного двигателя.
В этой ситуации А.Г. Васильченко приказал экипажу покинуть машину, оставив на борту лишь инженера Н.И. Филизона. Он это сделал вовремя, поскольку горящий мотор оторвался и самолет совершил вынужденную посадку на пахотном поле вблизи поселка им. Кирова, в семи километрах юго-западнее подмосковной Коломны. После посадки на фюзеляж Васильченко и Филизон, воспользовавшись переносными огнетушителями и с помощью подоспевших местных жителей, погасили огонь, но разрушения на самолете были столь велики, что его не стали восстанавливать.
Спустя месяц – еще одна авария. На самолете № 005 при посадке разрушилась правая часть закрылков в районе шасси.
Первая катастрофа произошла с самолетом № 13 (заводской № 220303) 5 ноября 1947 года. Экипаж бомбардировщика состоял из 13 человек в том числе командира корабля Героя Советского Союза подполковника М.В. Родных, второго пилота старшего лейтенанта Г.И. Кондратьева, штурмана капитана В.Я. Малыкина, ведущего инженера подполковника Б.Н. Федосеева, ведущего техника по винтомоторной группе лейтенанта П.В. Мезенцева и бортинженера капитана Н.И. Банникова. После проверки работоспособности всех систем самолета в полете над аэродромом экипаж взял курс на Москву. Спустя 23 минуты дала о себе знать тряска одного из моторов и обнаружилось возгорание второго двигателя. Все повторилось, как и на самолете Васильченко. Введенные в действие огнетушители с пожаром не справились, а все попытки зафлюгировать винт неисправного мотора оказались тщетными. Дефект двигателя привел к гибели двух членов экипажа.
Стрелково-пушечное вооружение первых двух самолетов не испытывалось и по заключению НИИ ВВС было небезопасно в эксплуатации. Обе машины заказчик долго не принимал из-за большого количества дефектов, как, впрочем, и на последних машинах.
25 января 1948 года два Ту-4 (командиры самолетов № 4 Марунов и № 5 Пономаренко) отправились в свои первые дальние перелеты, пройдя без посадки 5000-км маршрут Москва – Куйбышев – Аральское море – железнодорожная станция Яны-Курган (около г. Туркестан) и обратно. Полет до окрестностей Туркестана проходил на высотах от 5000 до 8000 метров в дневное время, и там же сбросили 2000 кг бомб.
Следует отметить, что на первые машины разрешили не устанавливать приемники глиссадного канала радиоустройства слепой посадки РУСП-45, навигационный координатор НК-46, панорамный радиолокационный бомбоприцел «Кобальт» (на самолеты № 220102 и № 220201) и прочее. Пришлось укомплектовывать Б-4 и импортными изделиями. Так, для двигателей АШ-73ТК приобрели за рубежом магнето, генераторы, стартеры и свечи. Устанавливали заморские командные радиостанции SCR-27N, посадочные фары, авиагоризонты и секстанты.
Согласно апрельскому 1948 года постановлению правительства начались государственные испытания сразу трех Ту-4 (№№ 22002, 220102, 220201), продолжавшиеся почти восемь месяцев. Любопытно, что ведущими на этом этапе испытаний были не специалисты НИИ ВВС, а офицеры из Дальней авиации. Так, ведущими летчиками назначили полковника Ваганова – шеф-пилота командующего Дальней авиацией, подполковника Громова – старшего летчика-испытателя военной приемки, Пономаренко – инспектора по технике пилотирования одной из дивизий. Вторыми пилотами были: Солдаткин – летчик-испытатель военной приемки, Воронин – заместитель командира эскадрильи и старший лейтенант Торопов – командир корабля.
Летчики-испытатели НИИ ВВС А.И. Кабанов, П.М. Стефановский, В.И. Жданов, В.И. Алексеенко, М.А. Нюхтиков, И.П. Пискунов, А.Г. Кочетков, А.Г. Прошаков, А.Г. Кубышкин и В.Е. Голофастов в этот раз оказались на вторых ролях. На их долю выпал лишь облет новейших машин.