Пока «Запоріжже» шесть лет торчала в доке, окончательно пришли в негодность ее аккумуляторные батареи. Новые батареи были закуплены у греческой компании «Geгmanos S.A.». Сумма сделки составила около 3,5 миллионов долларов.
В январе 2003 года из Греции в Севастополь, наконец-то, были доставлены долгожданные аккумуляторные батареи для «Запорожье» и только тут выяснилось, что в иностранных батареях не подходят клеммы, да и по габаритам они не подходят. Поэтому несчастная «Запоріжжя» застыла у причала 13-го судоремонтного завода в Севастополе еще на шесть лет, а неподалеку — греческие батареи, накрытые навесом. При этом Россия предлагала Украине аккумуляторные батареи в два раза дешевле, но Киев из вредности российские аккумуляторы покупать отказался. В феврале 2003 года в Балаклаве состоялся торжественный спуск лодки на воду из дока. Но боеготовой она после этого ремонта так и не стала.
О злосчастных аккумуляторах тоже рассказывали в Севастополе немало. Вначале их разместили на территории одной из частей ВМСУ, что было вполне логично. Однако вскоре, прознав, что дефицитные аккумуляторные батареи имеют внутри немало серебра, к ним стали подбираться украинские моряки, кто с монтировкой, а кто и просто с ломом. Наконец, в одну из темных южный ночей несколько аккумуляторных батарей были взломаны и укровоенморы поживились дорогой начинкой. Поняв, что дело принимает опасный оборот, командование ВМСУ не нашло иного выхода, как упросить командующего Черноморским флотом, разместить свои аккумуляторы на территории российской воинской части, понимая, что только там они будут в полной безопасности. Так и сделали. А потому, на протяжении многих лет, российские моряки охраняли украинские аккумуляторы от украинских моряков. Вот такая она, правда украинской жизни.
В те дни в Севастополе ходил анекдот: «Когда док всплыл… Вопль ужаса вырвался у видавших виды заводчан. Как оказалось, подводная лодка выше ватерлинии не развалилась исключительно из-за слоя бакланьего помета, а ниже ватерлинии корпус сохранился благодаря слою мидий…»
В 2007 году в Киеве «высокие лбы» решили продать «золотую субмарину» Ливии после окончания ремонта за 50-70 миллионов американских долларов, но пока лодка доремонтировалась, не стало самой Ливии.
В августе 2009 года, согласно официальной истории подводной лодки «Запоріжже», ее «экипаж встретился с делегацией ветеранов-подводников из Одессы, моряки обсудили тему военно-патриотического воспитания личного состава». Лодка же, по-прежнему, находилась в своем бесконечном ремонте. При этом, так как украинские верфи ремонтировать подводные лодки уже не могли, многострадальное «Запоріжже» перевели на ремонт на13-й судоремонтный завод Черноморского флота России. После этого у «Запоріжжя» появилась хоть какая-то перспектива.
В январе 2010 года, наконец, завершалась установка аккумуляторных батарей, и начались не менее долгие работы по монтажу гидроакустической и радиолокационной станций, а также систем связи. В соответствии с достигнутыми летом 2010 году министрами обороны Украины и России договоренностями, в российских учениях осенью 2010 года принимали участие четверо украинских офицеров-подводников. Они стажировались в должностях вахтенных офицеров и командиров боевых частей на борту российской подводной лодки «Алроса».
Подводная лодка «Запоріжже» все еще была в неисправном состоянии, но Киеву уже не терпелось продемонстрировать свой подводный флот своим европейским друзьям. Поэтому, находясь в аварийном состоянии, «Запоріжже» приняла участие в учениях «Фарватер мира 2011». На этих учениях она использовалась как условно затонувшая, т.к. ходить сама не могла и ее таскали на буксире. На «Запоріжже» велась отработка задачи по спасению аварийной подводной лодки, легшей на дно. При этом она, разумеется, не погружалась, так как если бы погрузилась, то сразу бы стала уже затонувшей не условно.
В том же 2010 году министерство транспорта и связи Украины неожиданно объявило, что задействует «Запоріжже» «в выполнении регулярных пассажирских перевозок между Севастополем и Батуми». Разумеется, из сумасшедшего плана украинского Минтранса ничего не вышло. Кто явился автором этого бреда, так и не удалось выяснить.