25 апреля 2012 года (впервые с 1993 года!) «Запоріжже» вышла в открытое море с использованием собственной силовой установки. С 18 по 20 июля 2012 года произведены испытания лодки при погружении. 3 августа 2012 года лодка провела успешное погружение на перископную глубину (14 метров), выполнила вывеску и дифферентовку, отработку движения в подводном положении. На большее украинские подводники уже не решились, боясь, что не выдержит корпус. На борту лодки «Запоріжжя» во время испытаний и погружения находились министр обороны Украины Д. Саламатин, начальник Генерального штаба — главнокомандующий Вооруженными силами Украины генерал-лейтенант В. Замана, временно исполняющий обязанности командующего ВМС вице-адмирал Ю. Ильин. При этом каждый из них имел вокруг себя собственную свиту, так что от массы народа, протолкнуться на лодке было просто нельзя. Куда уж тут еще и погружаться, впору в целости вернуться в базу в надводном положении. Именно поэтому, при всей обыденности данного выхода в море, для украинской истории это было поистине эпохальное событие — в первый и последний раз в истории украинская подводная лодка самостоятельно вышла в море и даже самостоятельно погрузилась. И ничего, что при этом ее безопасность сторожили спасательные корабли российского флота. И ничего, что и погрузилась, то она всего на несколько метров. Все это чепуха! Главное, что отныне и навсегда день 3 августа — стал днем наивысшего расцвета подводного флота Украины. Пройдут годы, минут десятилетия, но об этом подвиге украинских подводников будут слагаться легенды, а украинские кобзари будут сочинять все новые и новые вирши.
В 2012 году подводная лодка «Запоріжже» участвовала в совместных российско-украинских учениях «Фарватер мира», в рамках ходовых испытаний выходила в море и под десятками видео и фотокамер, к полному восторгу украинских журналистов, провела рекламное погружение на перископной глубине. Сколько было шума в украинской прессе! Журналисты наперебой кричали о начале новой эры украинского подводного флота. Особо бестолковые, войдя в раж, именовали свою лодку… украинским подводным атомоходом! Почему? Да просто так, для пущей важности. Увы, на самом деле эра подводного украинского флота вовсе не началась, а наоборот, закончилась. Больше в море «Запоріжже» уже никогда самостоятельно не выйдет. А Украина все веселилась. В январе 2013 года в ВМСУ состоялись торжественные мероприятия по случаю принятия подводной лодки «Запоріжже» в боевой состав флота с национальными маршами и роскошным банкетом. В июне 2013 года «Запорожье» окончательно покинула 13-й судоремонтный завод министерства обороны России и ошвартовалась на подготовленном для нее временном месте в Стрелецкой бухте. Там она и простояла недвижимо до марта 2014 года.
Во время мартовских событий 2014 года экипаж «Запоріжжя» «вежливым людям» особенно не сопротивлялся. Переговоры со стороны России провели командир и начальник штаба дивизиона подводных лодок Черноморского флота капитан 1-го ранга А. Варочкин и капитан 2-го ранга Б. Резник. После завершения переговоров с командиром «Запоріжжя» капитаном 1-го ранга Р. Шагиевым, было решено перевести подводную лодку в состав Черноморского флота РФ. Перейти в российский флот попросился и командир субмарины. 22 марта на «Запоріжже» был осуществлен торжественный подъем Андреевского флага. После этого подводная лодка была отбуксирована из Стрелецкой бухты в Южную бухту, где базируется дивизион подводных лодок российского Черноморского флота.
29 марта Черноморский флот ВМФ России отказался от боевого использования «Запоріжжя» по причине её технических неисправностей, а также потому, что боевые возможности лодки давно устарели, и предложил Украине забрать ее назад для дальнейшего использования или утилизации. Но украинцы тогда от реликвии деликатно отказались. Дело в том, что, несмотря на бесконечные модернизации и затраченные миллионы долларов (которые, скорее всего, были благополучно разворованы) «бабушка» находилась в столь плачевном состоянии, что обязательно затонула бы на переходе в Одессу. Испугавшись, снова стать мировым посмешищем, незалежники от «бабушки» и открестились. Короче, подводная лодка в степях Украины погибла в неравном бою…