Командующий ВМСУ в 1993—1996 годах вице-адмирал В. Бескоровайный считал, что принять «Запоріжже» в состав ВМС, и как можно быстрее ввести в строй — необходимо. «Лодку нужно вводить в боевой состав ВМС как можно быстрее, — твердил командующий ВМСУ вице-адмирал Бескоровайный. — Хотя и существует утверждение, что U-01 уже устаревшая, могу сказать, что это единственная из трех субмарин, которые мы должны были получить в результате распределения, которая была в удовлетворительном техническом состоянии и требовала меньших затрат на ремонт. Остальные предложенные нам лодки не выдерживали никакой критики и могли послужить флоту только как первоклассный металлолом. „Запорожье“ можно модернизировать с точки зрения электротехнического оборудования и установить более современные виды вооружения». Понять Бескоровайного можно, будучи сам подводником, он мечтал и о подводном флоте Украины. Но мечты — мечтами, а реальность — реальностью.
Не было единства в отношении к несчастному «Запоріжжью» и со стороны министров обороны Украины. Если Ю. Ехануров желал восстановить лодку и возвратить в ее в боевой состав, то его предшественник А. Гриценко заявлял, что лодка не имеет перспектив в структуре ВМС, поэтому её надо списать и продать. По словам Гриценко, чтобы содержать всего лишь одну лодку, нужно подготовить два экипажа личного состава, береговую инфраструктуру, систему логистики, разработки, производства, закупки специальной техники и вооружения, спасательную службу с транспортными средствами (морскими и воздушными), отдельный факультет подготовки офицеров–подводников в Севастопольской академии ВМС, учебные подразделения для подготовки матросов и мичманов. «Если кто–то посчитал по критерию „эффективность–стоимость“, то вывод очевиден: влияние этой подводной лодки на боеспособность нулевое…» — заявлял Гриценко. В 2010 году тогдашний министр обороны Украины (выходец из ВМСУ) М. Ежель, заявил, что «Запоріжже» будет восстановлена и введена в строй. «Сегодня в мире только 40 стран имеют свой подводный флот. И я уверен, что Украина тоже имеет на это право», — объявил он. Еще один министр обороны Украины Д. Соломиатин полагал, что одна реальная задача для «Запоріжжя» все же имеется, так как наличие подводной лодки «позволит эффективно и на высоком уровне проводить обучение и тренировки противолодочных сил ВМС Украины». То есть, по его словам получалось, что в «Запоріжже» вгрохали столько миллионов долларов, чтобы использовать в качестве «тренировочной груши».
20 марта 2012 года «Запоріжже», наконец-то, под звуки «гопака» покинула территорию 13-го судоремонтного завода Черноморского флота России. В ходе ремонта российскими судоремонтниками были проведена большая работа по замене участков обшивки корпуса, ремонт донно-забортной арматуры, торпедных аппаратов, винто-рулевого комплекса, дейдвудных сальников, монтаж носового шпиля, очистка и окрашивание корпуса и цистерн главного балласта. За время ремонта корпус подводной лодки был тщательно обследован при участии российских конструкторов.
«Украина отремонтировала свой подводный флот» — под таким заголовком распространили украинские СМИ новость об окончании ремонта «Запоріжжя».
Однако, когда ремонт был завершен, платить за него ВМСУ категорически отказалось. Мотивация отказа была предельно проста — грошей немає!
Поэтому центральное конструкторское бюро «Черноморец», которое выступало генеральным подрядчиком по ремонту лодки, выставило претензию украинским военным в 3-го миллиона гривен (10 миллионов рублей) за выполненный заказ. Иск ЦКБ «Черноморец» был удовлетворен хозяйственным судом Севастополя, принимавшим решение в соответствии с украинским законодательством. Это решение было подтверждено уже в российском апелляционном суде. Пришлось ВМСУ раскошеливаться. Общая сумма затрат по ремонту лодки оценивается в 60 миллионов гривен, не считая закупки аккумуляторов. Но для того, чтобы довести лодку до боевой кондиции, требуется еще минимум около 20 миллионов долларов.