Святилища являлись центрами деревенской общины, и их количество зависело от роста населения и примерно соответствовало количеству больших деревень. В японских исследованиях приводится следующая динамика. В период Рицурё
(VIII–IX вв.) больших деревень (го), состоящих из 50 дворов, насчитывалось 4041, в период Камакура (1192–1333) — 10000, а в начале XVI в. количество деревень увеличилось до 98000. Таким образом, можно предположить, что количество больших и малых святилищ примерно соответствовало этой цифре. В эпоху Эдо (1603–1867) в связи с освоением новых земель возникали новые деревни и в них появлялись новые святилища. Реестры начала периода Мэйдзи (1868–1912) указывают, что количество святилищ достигло цифры 180000-190000.К эпохе Мэйдзи относится следующий по важности этап систематизации святилищ и организации сакрального пространства государства. Указ Государственного Совета 1871 г., положенный в основу упорядочивания, показывает намерение создать сильное монолитное национальное государство, основой которого является положение о божественном происхождении одной непрерывной правящей династии. Святилища превращались в учреждения государственной или местной власти,
Создание категории «специальных святилищ» демонстрирует расширения сакрального пространства в рамках императорского мифа, но с помощью нового инструментария. Необходимость подтверждения непрерывности династии потребовало некоторой «корректировки» истории, которая проявила себя и в учреждении и популяризации новых святилищ. Одним из самых трагических и сложных для трактовки в рамках идеи «непрерывности власти» являлось время противостояния двух императорских дворов — северного и южного, период Намбокутё (1336-92). Окончательное конструирование императорской генеалогии требовало времени, а почитание вассальной преданности и героическая смерть за государя были близки устремлениям новой эпохи. Указ 1870 г. об учреждении храма, посвященного герою периода Намбокутё, Кусуноки Масасигэ, открыл череду мероприятий, поддерживающих основополагающие идеи правительства. В 1871 г. было учреждено святилище Минасэ дзингу
, в котором почитаются три императора, которые попали в немилость сёгуната и были сосланы за участие в «мятеже» 1221 г. В 1875 г. буддийский храм, в котором находилось захоронение малолетнего государя Антону (1180-83), был преобразован в святилище Акама дзингу. В 1887 г. после включения южной ветви императорского рода в основную генеалогию, в горах Ёсино, где упокоился мятежный император Годайго (1318–1339), был построен Ёсино дзингу. Продолжение установившейся традиции видится в учреждении в 1920 г. Мэйдзи дзингу, в 1919 г. Ноги дзиндзя и в 1938 г. Оми дзингу. Упорядочивание храмов проходило в рамках «императорского мифа», когда место расположения и категория святилищ определялась в соответствии с иерархией мифа. Строились новые святилища, а те святилища, которые не могли быть исключены из реестра из-за большой популярности среди населения м высокой сакральности районов расположения, «переориентировали» на почитание «нужных божеств». Это повлекло за собой сосуществование в некоторых древних святилищах как традиционных местных божеств, так и новых — «назначенных» правительством.