Дальнейшее развитие доктринальных интерпретаций синто связано прежде всего с именем Ёсида Канэтомо
и созданным им Ёсида синто, доминировавшим в качестве синтоистской официальной квазиортодоксии и условной ортопраксии вплоть до периода Мэйдзи. Появлению Ёсида синто на свет предшествовала скоротечная, но опустошительная «война годов Онин» (1469–1477), ведшаяся непосредственно в столице, в результате чего Киото был весь практически уничтожен. Не составило исключение и святилище, филиал знаменитого Касуга тайся, находящиеся с IX в. под попечением одной из ветвей знаменитого священнического рода Урабэ по имени Ёсида. Обеспечить средства, необходимые для его воссоздания, в условиях, когда вся столица представляла собой одно пепелище, можно было только заручившись поддержкой влиятельных патронов, которых следовало убедить в исключительной необходимости его восстановления, и тех благ, которые они обретут, оказав поддержку. Ёсида Канэтомо оповещает, что в его роде издавна существовала традиция, которую он называет «Исконным синто всеобщего источника» (??????), тайно передаваемая в его роду от первопредка божества Амэ-но Коянэ-но микото. Доказывая превосходство ками над буддами и конфуцианскими совершенномудрыми он использует ту же стратегию, что и Ватараи, при этом подчеркивая, что ками не только стояли у истоков формирования мира, но предшествовали ему и, по сути, были составляющей основу мироздания некой духовной первосубстанцией. В его напоминающей генотеизм трактовке утверждается существование первобожества, являющегося истоком не только ками, но и будд: «То, что мы называем ками, не является ками в обычном смысле, а ками мы называем то, что предшествовало Небу и Земле». Этот изначальный ками «определяет космос», «превосходя инь и ян, является инь и ян». Поскольку такой предвечныйЕдинственным соперником Ёсида был род Сиракава-Хакуо, представители которого традиционно занимали пост главы Дзингикан
, тогда как Урабэ-Ёсида обычно выступали в роли их заместителей. В самом начале периода Токугава род Сиракава в лице его тогдашнего главы Масатака О попытались сформулировать собственную, альтернативную концепцию синто, которую они смогли бы противопоставить учению Ёсида, заложив основы так называемого Хаккэ синто. В 1699 г. на суд государя были представлены сочинения, в которых центральное место занимало толкование «благодати» (?) священной императорской регалии — зерцала, а также утверждалось, что оно есть символ сущности ками, в котором «ничего не содержится, но оно не пусто». Однако учение, предложенное Сиракава, ни по степени изощренности в интеллектуальном плане, ни по систематичности изложения, не могло сравниться с Ёсида синто. Сиракава больше апеллировали к традиционно высокому положению в Дзингикан и исключительной аутентичности сохраняемых в этом роде ритуалов, нежели опирались на догматическую аргументацию. Тем не менее, в XVIII в., благодаря усилиям Масатоми О, воспринявшего многие идеи Суйка синто, о котором пойдет речь дальше, Сиракава удалось достичь определенного паритета с Ёсида, зачастую за счет определенной неразборчивости при приеме под свое крыло течений и движений, искавших легитимации собственного статуса. Число святилищ, которые признали авторитет Сиракава, возросло, и роду было предоставлено такое же, как и Ёсида, право рукоположения священнослужителей.