Одним из наиболее масштабных течений в утверждении почвеннической парадигмы была школа «национальной науки» (
Попытка вычленить из существующего конгломерата верований и практик сугубо автохтонные — «синтоистские» — также не приносила до конца удовлетворительных результатов: многие элементы, необходимые для функционирования синто в качестве полноценной самостоятельной когерентной религиозной традиции, не были обнаружены.
Отчасти выход был найден в интерпретационном прочтении существующих древних текстов, прежде всего «Кодзики»
, которые стали восприниматься как заключающие в себе, кроме очевидного и поверхностного, еще и зашифрованный глубинный смысл, ключ к пониманию которого теперь предстояло найти, а также в непосредственных мистических опытах и контактах с уцелевшими носителями древней традиции (последний метод был в полной мере воспринят и применен в рамках «этнографического» почвенничества, т. н. синкокугаку уже в XX в.). Наиболее известной фигурой этого «эзотерического» крыла кокугаку стал Хирата Ацутанэ, считавший, что для полноценного функционирования синто ему прежде всего недостает позитивной эсхатологии. Разработав учение о существовании параллельного «сокрытого мира» (какурэё), он утверждал, что именно туда попадают души умерших после смерти, а не отправляются в пресловутую «страну мрака», описанную в весьма неприглядном виде в «Кодзики», и на чем настаивал его предшественник Мотоори Норинага, предпочитавший дословно и стоически следовать древним описаниям. Хирата Ацутанэ не был единственной яркой фигурой этого крыла, и своей громкой славой он обязан прежде всего своему зятю и последователю Хирата Канэтанэ, сумевшему создать после его смерти дееспособную организацию, имевшую широкую поддержку в провинции, но при этом старался максимально избегать различных эзотерических штудий, исходя, скорее всего, из политических соображений. Многие почвенники, стремившиеся к возрождению «древнего синто» (косинто) «эзотерическими» методами, были фактически вычеркнуты из официальной истории и поныне остаются вне поля зрения академической науки и отвергаются синтоистским истеблишментом. Вопрос о том, в какой мере их можно относить к школе кокугаку, и поныне остается открытым в виду неоднозначности трактовки самого этого термина. Как отметил британский ученый Дж. Брин, почвенничество в Японии не сводится к кокугаку, а кокугаку не тождественно почвенничеству[133]. Например, приверженец эзотерического толкования «Кодзики» и один из пионеров косинто Ямагути Сидо, сам не относил себя к кокугаку, не признавая профанных интерпретаций его «текстологического» крыла.В период Мэйдзи был создан культ официальных «четырех великих мужей кокугаку
», куда кроме представителей «филологического» крыла — Када Адзумаро, Камо Мабути, Мотоори Норинага — вошел лишь единственный «эзотерик» Хирата Ацутанэ, учение которого в угоду политической целесообразности было значительно выхолощено его ближайшими последователями, а принимавшие массовое активное участие в «реставрации Мэйдзи» члены его школы лишены какого-либо влияния и выдавлены из государственных органов.