В 1861 на Северном К. были образованы области Терская (центр — Владикавказ) и Кубанская (центр — Екатеринодар, ныне Краснодар). В 1867 учрежден Черноморский округ Кубанской области (центр — Новороссийск), в 1896 преобразованный в Черноморскую губернию В 1866 был создан Сухумский военный отдел в составе Кутаисской губернии, выделенный в 1903 в самостоятельный округ. В 1868 из частей Тифлисской и Бакинской губерний была образована Елизаветпольская губерния, а в 1878 из отошедших от Турции территорий — Карсская и Батумская области (последняя в 1883—1903 — округ Кутаисской губернии). После упразднения наместничества (1882) во главе администрации на К. стоял главноначальствующий гражданской частью на К., являвшийся одновременно командующим войсками Кавказского военного округа и наказным атаманом казачьих войск на Северном К. Ему подчинялись 6 губерний (Черноморская, Кутаисская, Тифлисская, Эриванская, Бакинская и Елизаветпольская, Ставропольская губерния в 1898 была отделена от К. в административном отношении), 5 областей (Терская, Кубанская, Дагестанская, Карсская и Батумская; временно, в 1882—1890 — Закаспийская) и 2 округа (Закатальский и Сухумский).