Еще семь лет назад Санчия была помолвлена с неаполитанским дворянином Онорато Гаэтани, но помолвка была расторгнута в сентябре 1493 года. Имея бурный темперамент, который она проявит позже, шестнадцатилетняя девушка могла испытывать только презрение к лицемерному завершению свадебного ритуала. Но установление, проведенное по всем правилам, делало ее брак нерасторжимым. Так было с блеском осуществлено слияние дома Борджиа с двумя ветвями королевской династии Арагона — испанской и неаполитанской.
Теперь мешал миланский союз, несколько поспешно скрепленный браком Лукреции и Джованни Сфорца. С каждым днем зятя папы все больше беспокоили ватиканские интриги. Сославшись на чуму, свирепствовавшую в Риме, он удалился в свою вотчину Пезаро и провел там лето и осень 1493 года. Он вернулся только в ноябре, привлеченный обещанием папы выплатить приданое Лукреции 30 000 дукатов, но оставался в Вечном городе не без причины. В апреле 1494 года он осмеливается выразить Александру неудовольствие по поводу союза, заключенного с Неаполем: „Находясь на службе у Вашего Святейшества, я буду вынужден служить Неаполитанскому королевству против Миланского герцогства… Я умоляю Ваше Святейшество не вынуждать меня идти против моей собственной крови и разорвать узы долга, которые меня связывают одновременно с Вашим Святейшеством и с Миланским государством“ На эту просьбу папа ответил следующее: „Вы слишком много занимаетесь моими делами. А платить вам могут оба“. Джованни счел необходимым сообщить этот грозный ответ своему дяде Людовико.
Александр не хотел удалять из Рима зятя и дочь. Он привык к спокойному присутствию Лукреции в двух шагах от Ватикана, во дворце Санта-Мария-ин-Портику, где она жила с дамами, которых любил Святой Отец, — его кузиной Адриенной де Мила и, главное, его любовницей Джулией Фарнезе. Он отослал мужа Джулии Орсо Орсини, сына Адриенны, в его вотчину Бессанелло собирать войска, а затем он должен был присоединиться к неаполитанской армии. Зимой 1193 года Джулия родила девочку, и, но слухам, ее отцом был папа.
В письме близкого родственника Джулии Лоренцо Пуччи, приехавшего в Рим, передана интимная и теплая атмосфера, царившая во дворце. Флорентийский прелат был представлен дамам 24 декабря 1493 года. Они сидят у огня, занятые разговорами о своих туалетах. Свежая и грациозная Лукреция в 15 лет находится в расцвете красоты. На ней ворсистое платье по неаполитанской моде, но вскоре она встает и идет переодеться. Когда возвращается, на ней уже длинное платье из фиолетового шелка. В это время Джулия показывает прелату новорожденную Лауру. „О, — восклицает Лоренцо, — да это живой портрет папы, это, конечно же, его ребенок!“ Прелат отмечает, что Джулия несколько раздобрела, но это ей очень идет. Она вымыла волосы, и теперь служанка их сушит и расчесывает, они волной спускаются до самого пола. „Я никогда не видел ничего подобного“, — записывает флорентиец. Горничная, закончив причесывать Джулию, покрывает ее голову накидкой из тонкого батиста, а сверху надевает золоченую сетку, тонкую как облако и сверкающую как солнце.
Дворец Санта-Мария-ин-Портику, будучи частным владением, прекрасно подходит для семейной жизни. Но Александр предпочитает ему официальную резиденцию папства — Ватикан, расположенный поблизости, которому он хочет придать грандиозный и царственный облик. Еще в начале своего правления он приказал построить новые папские апартаменты. В них можно войти через переднюю, расположенную на втором этаже бывшего дворца Николая III. Три зала для приемов занимают северное крыло дворца Николая V между двором Попугая и нынешним двором Бельведера. Две следующие комнаты расположены в массивной башне Борджиа, построенной, по приказу папы, на северо-восточной стороне крепостной стены напротив Сикстинской капеллы, с другой стороны узкого двора. Кабинеты и коридоры примыкают к этим главным комнатам и позволяют пройти в спальни и служебные помещения, расположенные на втором этаже. Первый этаж еще со времен Сикста IV занимает библиотека и архивы. Из окон апартаментов можно увидеть холм, усаженный фруктовыми садами и виноградниками: Иннокентий VIII построил там бельведер — элегантную лоджию, по бокам которой расположены комнаты отдыха и часовня, откуда открывается великолепная панорама Рима и его окрестностей до холма Соракте. Бельведер расписывал художник из Перузы, приехавший работать в Сикстинскую капеллу — Бернардино ди Бетти, или Пинтуриккьо, художник с богатым воображением. Александр его ценит и решает доверить ему роспись своих апартаментов.