Начиная со следующего зала, роспись совершенно меняется. Это просторный рабочий кабинет, его фрески изображают свободные искусства и науки. На мраморных тронах восседают молодые женщины, окруженные знаменитыми учеными, представляющими разные дисциплины. Женщины воплощают грамматику, риторику и диалектику (искусства первого цикла обучения, или
Из рабочего кабинета можно пройти в башню Борджиа, построенную в 1494 году. Для приемов использовался зал Кредо, его площадь — 95 квадратных метров. Он освещен тремя окнами. В его росписи чередуются апостолы и пророки в двенадцати композициях: каждый апостол держит в руках свиток со стихом из «Символа веры»: считалось, апостолы составили его текст до ухода из Иерусалима. Наконец, в «Зале Сивилл», не таком просторном (чуть менее 60 квадратных метров) изображены двенадцать прорицательниц с пророками. Свод расписан сценами из мифа об Озирисе и изображениями языческих богов. Эта роспись еще раз подтверждает преемственность воплощений Бога со времен языческой древности до христианской эпохи.
Закрытые после правления Юлиана II комнаты апартаментов Борджиа, обновленные и предоставленные для посещения публики в 1897 году Львом XIII, — одно из самых прекрасных творений итальянского Возрождения. Британский историк Эвелин Марк Филипс, побывавшая там после их повторного открытия, прекрасно передала невероятно сильное впечатление, возникающее и сегодня от посещения этих апартаментов: «Возможно, здесь как нигде в Риме ощущаешь себя в реальной обстановке эпохи Возрождения. Днем, когда тишину в этой длинной анфиладе комнат нарушает лишь шум воды из фонтана посреди двора, сразу же возникает мысль о живших здесь некогда людях. Как в этом месте солнце сверкало в светлых волосах Лукреции, знаменитый понтифик прогуливался в парчовых одеждах, а Чезаре Борджиа надевал золотые доспехи…»
Замечательная роспись была выполнена очень быстро. За работами наблюдали папа и члены его семьи. Можно сказать, что волшебная кисть Пинтуриккьо обессмертила его модели.
Весной 1494 года Лукреции приходится покинуть блестящий и радостный римский двор. Понтифик приказал своему зятю Джованни Сфорца отправиться в Пезаро, чтобы собрать армию. В Романье вместе с неаполитанцами ему предстояло бороться против грозного французского нашествия. По случаю отъезда Лукреции организуется пышный парад. Многочисленная свита, состоящая из кавалеров и дам, покидает Санта-Мария-ин-Портику. Лукреция и Джулия, ее придворная дама, скачут на белых иноходцах. За ними следуют носилки с племянницами папы — Адриенной де Мила и Хуаной Монкада. Доверенное лицо — Франсиско Гасет — приставлен к ним в качестве советника: ему поручено постоянно поддерживать связь с Ватиканом.