Королевский праздник в Капуа пришелся кстати, чтобы удалить из Рима Джофре и Санчию, имена которых упоминаются в следствии по делу об убийстве Хуана. Лукреция все еще находится в монастыре Сан-Систо. Папа даже рад, что его дети находятся вдали от него и не встречаются. Таким образом, ему не придется видеть, как они рвут на части друг друга. Но в курии устанавливается какая-то странная атмосфера. Летописец Санудо рассказывает, что в Ватикане и замке Сант-Анджело появляются призраки: фантастическое свечение и загробные голоса пугают папское окружение. Находясь вдали от Рима, Чезаре демонстрирует полное хладнокровие. Короновав Фредерико в Капуа, 15 августа он вместе с ним отправляется в Неаполь и останавливается в королевской резиденции Кастель Капуано. Он объявляет при неаполитанском дворе, что из папских анклавов (вклинившиеся части чужой территории) было образовано герцогство Беневенте. Он извещает, что оно было передано старшему сыну Хуану Гандийскому. Поступая таким образом, он действует как исполнитель воли своего убитого брата, к великому гневу его вдовы, Марии Энрикес, убежденной в его виновности. Представляя папу, сюзерена короля, он торжественно проезжает по улицам Неаполя во главе 300 всадников рядом с Санчией и ее братом Альфонсом Арагонским. Этот пышный парад становится успешным завершением его деятельности в Неаполе в качестве легата: Священная коллегия оказывает ему честь, выехав встречать его, когда он возвращается в Рим 6 сентября. От церкви Санта-Мария-Нуова до Ватикана кардиналы сопровождают своего молодого собрата. Александр VI созывает консисторию, чтобы встретить его в папском дворце. Он, по традиции, целует его, но не говорит ему ни единого слова. Эта непривычная холодность свидетельствует о глубокой убежденности, что Чезаре виновен в убийстве брата. Недомогание, которое из-за этого испытывает папа, вынуждает уехать из Ватикана, как если бы он хотел защититься от своего собственного сына.
28 октября Александр поселяется в замке Сант-Анджело. В этот же день, по странной случайности, полиция посадила в карцер подземелья бывшего личного секретаря понтифика архиепископа Козенца Бартоломео Флореса, предварительно лишенного церковного сана. Арестованный 14 сентября прелат был приговорен к пожизненному заключению 13 октября, после того как сознался, что вместе с тремя из своих служащих он изготовил более 3000 фальшивых булл. Один из этих актов разрешал монахине из Португалии, особе королевской крови, покинуть монашеский сан и вступить в брак с внебрачным сыном покойного короля. Другой позволял священнослужителю жениться, сохранив свой сан. Большинство предоставляли освобождение и возможность незаконно получить богатые бенефиции. За такую торговлю, чрезмерно практиковавшуюся в папской канцелярии, Флорес был замурован в подвал мавзолея императора Адриана, ужасный каземат Сан-Марокко. В рубахе из грубой парусины и зеленом плаще с капюшоном архиепископ-фальсификатор дожидался там своей смерти.
С верхнего этажа, где в роскоши жил папа, он приказал приносить пленнику каждые три дня немного хлеба и воды и давать ему немного масла, чтобы тот мог читать Библию, Послания Святого Петра и требник, который ему оставили. Александру было необходимо, чтобы его пленник прожил еще некоторое время. Скрывая свои намерения, он несколько раз посылал к нему Жана Марадеса, избранного епископа Тула, Пьера де Солиса — архидиакона Бавии в церкви Овиедо, и еще других своих приближенных, чтобы с ним поиграть в шахматы. Так они принудили его признаться, что он направлял многочисленные бреве без ведома понтифика, и среди них право на получение бенефиций в Испании: это признание позволило бы Александру VI доставить удовольствие Изабелле и Фердинанду, отменив как подложные подлинные акты, полученные людьми, которые им не нравились. Флоресу пообещали дать новые должности, если он признается. Но когда он это сделал, посетители исчезли и оставили его гнить в своей камере до самой смерти 23 июня 1498 года.
Вот что происходило за кулисами папской резиденции. Знаком божьего гнева посчитали ужасную грозу, которая обрушилась на замок Сант-Анджело. Молния ударила в пороховой склад, и он взорвался. Каменные глыбы разлетелись во все стороны. Некоторые упали на другом берегу Тибра, было ранено около пятнадцати человек. Статуя Святого архангела Михаила, венчавшая памятник, исчезла, разбитая на куски, молния ударила в острие шпаги, направленной в небо. Народ был убежден, что статуя вознеслась на небо.