Суверенное положение Мальтийского Ордена подтверждается также в Конвенции итальянского королевского военного министерства и Суверенного (Державного) Ордена Святого Иоанна Иерусалимского от 20 февраля 1884 года и в законодательных Декретах итальянского королевского правительства от 7 октября 1923 года, 28 ноября 1929 года и 4 апреля 1938 года. За свой огромный личный вклад в дело установления официальных итальянско-мальтийских отношений тогдащний «вождь итальянского народа» и «дуче итальянского фашизма» кавалер Бенито Амилькаре Андреа Муссолини удостоился награждения Большим Крестом чести (почета) и смирения Ордена Святого Иоанна Иерусалимского из рук Великого Магистра Мальтийского Ордена фра Людовико Чиги делла Ровере Аль-бани (1931–1941). До наших дней дошло немало фотографий Муссолини с мальтийским крестом на шее.
В итоге отношения между Итальянской Республикой и Мальтийским Орденом были окончательно определены дипломатическими нотами, которыми стороны обменялись 11 января 1960 года.
Итальянская нота подтверждает все привилегии, пожалованные Мальтийскому Ордену как Итальянским королевством так и Итальянской республикой, начиная с 1861 года и подтвердившие статус Ордена как субъекта международного права, экстерриториальность его резиденции в Риме (виа Кондотти и виа Авентин) и правовое положение Великого Магистра в качестве главы суверенного государства со всеми соответствующими привилегиями. Тем самым Итальянская республика признала существование Мальтийского Ордена на своей территории в качестве суверенного государства, государства, с которым она поддерживает дипломатические отношения.
Суверенный Мальтийский Орден управляется и поныне Великим Магистром. ркзиденция которого находитсяв городе Риме. Его полный титул: Dei gratia Sacrae Domus Hospitalis Sancti Johannis Hierosolimitani et militaris Ordinis Sancti Sepulchri Dominici magister humilis pauperumque Jesu Christi custos — «Божией милостью Священного Страннопримного Дома Святого Иоанна Иерусалимского и рыцарского (военного) Ордена Святого Гроба Господня Смиренный Магистр и со Убогими во Христе Иисусе Охранитель».
Обладая рангом кардинала и принца королевской крови, а также достоинством князя Священной Римской империи и — в прошлом — правящего князя Родоса, а затем Мальты, Великий Магистр пользуется как титулом Преимущества (который иногда переводится как «Высокопреосвященство»), так и титулом Высочества, Преимущественнейшего Высочества, и признается на международном уровне главой государства, пользуясь соответствующими суверенными почестями.
Великий Магистр управляет Орденом при содействии Суверенного Совета, возглавляемого им самим и состоящего из четырех высших должностных лиц Великого Магистерства, избираемых Великим Капитулом: Великого Командора, Великого Канцлера, Госпитальера и Держателя Общего Казначейства, а также из шести членов Совета. Эти должности выборные, и их могут занимать рыцари, давшие обеты, а иногда, в виде исключения, рыцари послушания.
Папа Римский назначает своим представителем при Суверенном Военном Мальтийском Ордене Кардинала Святой Римской Церкви, именуемого Кардиналом Покровителем (Cardinalis Patronus), который пользуется помощью Прелата Ордена, также утверждаемого в должности Папой. Прелат Ордена является церковным руководителем орденского духовенства и помощником Великого Магистра, в его обязанности входит попечение о духовном благополучии Ордена.
Жизнь и работа Ордена регулируется Конституцей, утвержденной Святым Престолом (апостолическое послание от 24. 06. 1961 г.) и Кодексом (Сводом Законов), вступившем в силу 01. 11. 1966 г. Кодекс де Рогана, изданный Великим Магистром де Роганом в XVIII веке, сохраняет свою действенность как дополнительный правовой источник, в тех случаях, когда его положения применимы и не противоречат вышеуказанным двум другим источникам законности. Юридические вопросы и проблемы, имеющие для Ордена интерес и значение, разбираются Консультативным Юридическим Советом, назначаемым Великим Магистром с согласия Суверенного Совета.
Суверенный Мальтийский Орден имеет собственные суды первой инстанции и апелляционные суды с председателями, судьями, законоблюстителями и помощниками с правом совещательного голоса Суверенного Совета, утвержденными Великим Магистром. Апелляции по приговорам орденских судов могут подаваться в Кассационный Суд Государства Ватикан, который в таких случаях, действует по доверенности от имени Ордена, может исполнять функции Верховного суда, Коллегии Аудиторов, избираемых Генеральным Капитулом, контролирует доходы и расходы Ордена.