При отгрузке товара покупателю комиссионер выписывает счет-фактуру в двух экземплярах. Первый передает покупателю, а второй подшивает в журнал учета выставленных счетов-фактур, не регистрируя в книге продаж (п. 24 Правил ведения журналов учета полученных и выставленных счетов-фактур, книг покупок и книг продаж при расчетах по налогу на добавленную стоимость, утвержденных постановлением Правительства РФ от 2 декабря 2000 г.
На основании этих данных комитент в пятидневный срок со дня отгрузки комиссионером товаров выписывает счет-фактуру в двух экземплярах. Первый экземпляр он передает комиссионеру, который подшивает его в журнал учета полученных счетов-фактур, не регистрируя в книге покупок. Второй экземпляр комитент регистрирует в книге продаж. При получении комиссионером предоплаты от покупателя комитент составляет счет-фактуру в одном экземпляре с пометкой «Предварительная оплата» и регистрирует его в книге продаж. НДС с суммы предоплаты комитент может принять к вычету (п. 8 ст. 171 и п. 6 ст. 172 НК РФ). В этом случае счет-фактуру на предварительную оплату комитент регистрирует в книге покупок.
При получении предварительной оплаты от покупателей комиссионер выписывает счет-фактуру в одном экземпляре на сумму вознаграждения, соответствующую полученной предоплате. Данный счет-фактуру комиссионер регистрирует в книге продаж.