Так, скорее домыслом является предположение о соучастии в преступлении председателя ВЦИК Свердлова в качестве главного заказчика. Быстрая публикация якобы заранее подготовленного воззвания ВЦИК, амбиции Свердлова и его стремление к власти являются все-таки косвенными свидетельствами и не могут подтвердить прямую заинтересованность Свердлова в произошедшем.
В числе гипотез, достойных обсуждения, можно отметить мнение о возможной непричастности Каплан к покушению на Ленина. В ее подтверждение обычно приводят аргумент о плохом зрении Каплан и недостаточно хорошей видимости в вечернее время, когда произошли роковые события. Доводы о слабом зрении Каплан опровергаются свидетельствами о перенесенной ею операции на глазах осенью 1917 года, а также о последующей ее работе на крымских курсах по подготовке работников в земства, где ей приходилось иметь дело с документами. Работа с бумагами лишний раз подтверждает улучшение зрения после проведенной операции. Более того, при обыске среди ее личных вещей отсутствовали очки, которые, казалось бы, должны были стать повседневной вещью при возможных проблемах со зрением. Вечернее время также не может поставить под сомнение причастность Каплан к покушению. Покушение, по-видимому, произошло в промежутке с 19.30 по 20.00 часов. С учетом состоявшегося в мае перехода на летнее время в эти часы сумерки еще не наступили, видимость была хорошей.
Следующей деталью, создавшей некоторые сложности при расследовании преступления, стало использованное оружие — браунинг. Оружие не сразу было обнаружено, только 2 сентября, спустя сутки после опубликования в «Известиях» объявления о поисках пистолета, один из рабочих принес его следователям. В семизарядном браунинге оставалось четыре патрона. Картина сложилась: из семи возможных патронов три были расстреляны, в магазине осталось еще четыре. Однако на месте покушения следователи ранее подобрали четыре гильзы, что говорило не о трех выстрелах, а о четырех. Такое вполне могло случиться, так как во время нападения на Ленина громко работал двигатель служебного автомобиля, поскольку Гиль его завел и приготовился к поездке, увидев возвращающегося с митинга Ленина. При работе двигатель издавал резкие звуки, поэтому не причинивший никому вреда четвертый выстрел мог быть попросту не услышан.
Но если выстрелов было четыре, как в семизарядном браунинге могло остаться четыре нерасстрелянных патрона? Эта проблема также была решена. Достаточно знать, что конструкция пистолета позволяла загнать патрон в ствол и дополнить освободившееся место в магазине еще одним патроном. Так браунинг мог вмещать восемь готовых к использованию патронов. Каплан давно знала об этой особенности: при ее задержании после случайного взрыва в киевской гостинице при подготовке к покушению на генерал-губернатора в 1906 году у Каплан обнаружили именно браунинг, заряженный восемью патронами.
История с двумя попавшими в Ленина пулями развивалась неожиданным образом. Согласно медицинскому обследованию, результаты которого были зафиксированы в день покушения в официальном бюллетене № 1 от 30 августа 1918 года в 11 часов вечера,
В апреле 1922 года в ходе операции, проведенной в московской Боткинской больнице, одна пуля была извлечена. В описании операции содержится упоминание внешнего вида извлеченной пули: