Тем не менее на пленумах ЦК партии в июле и октябре 1926 года правящая группировка одержала победу. Троцкий, Зиновьев и Каменев были исключены из ЦК Политбюро. В 1927 году в составе ЦК уже не осталось ни одного сторонника оппозиции, а Троцкий, Зиновьев и Каменев были показательно исключены из партийных рядов: в декабре 1927 года на съезде партии их взгляды были признаны несовместимыми с членством в ВКП(б).
Это решение стало отправной точкой для исключения из партии многих тысяч оппозиционеров. После покаяния членство в ВКП(б) Зиновьева, Каменева и некоторых иных бывших приверженцев оппозиции было восстановлено. Троцкого же принудительно отправили сначала в Алма-Ату, а затем и вовсе выслали за пределы Советского Союза.
К декабрю 1934 года в партийных рядах все еще оставалось немало бывших оппозиционеров, продолжавших высказываться против политического курса партийного руководства. Было очевидно, что они могут в любой момент возобновить противостояние, бросив вызов центральной власти. Руководству партии и страны был нужен только повод, чтобы устранить политических конкурентов. Такой повод у них появился после нападения на Кирова. Обнаружение связей убийцы с приверженцами оппозиционных взглядов позволило целенаправленно развивать версию о происках троцкистско-зиновьевской группы. Тем временем в прессе выстрелы в Смольном практически сразу подавались как провокация, направленная на свержение партийной верхушки.
Судя по протоколам допросов, следствие активно проверяло версию о связях Николаева и его соучастников с консульскими ведомствами иностранных государств. Николаев показал, что несколько раз встречался в Ленинграде с консулом Латвийской Республики Биссенексом. По его словам, в ходе этих встреч он предлагал консулу письменные материалы с описанием положения дел в Советском Союзе, рассчитывая на их публикацию в иностранной печати, просил связать его с Троцким и получил от консула 5000 рублей на контрреволюционную деятельность. С аналогичными намерениями Николаев якобы обращался в Германское и Английское консульства, но по разным причинам его попытки не привели к желаемому результату.
Супруга Николаева, Матильда Драуле, вспомнила на допросе, что Николаев одно время искал старый латвийский паспорт ее умершего отца П. П. Драуле. Паспорт ему был нужен якобы для создания у консула впечатления о своих латвийских корнях. Эти сведения стали достаточным основанием, чтобы потребовать у Риги выслать Биссенекса из пределов СССР в течение 48 часов. Латвийская сторона это требование выполнила, но назвала показания Николаева голословными. Биссенекс был осужден и расстрелян за причастность к убийству Кирова в 1941 году, после того, как Латвия вошла в состав Советского Союза.
Имя супруги Николаева появилось в еще одной версии случившегося. Высказывалось мнение, что мотивы преступления выглядят как банальный «любовный треугольник». Приверженцы этой точки зрения ссылались на известную в народе популярность Кирова у женщин и его взаимную к ним расположенность. Драуле работала в ленинградском обкоме партии и вполне могла приглянуться своему начальнику; в свою очередь, эта связь могла вызвать у Николаева ревность и стать причиной преступления. На самом же деле какое-либо документальное подтверждение этой версии отсутствовало. К тому же она не вписывалась в официальную картину и потому всерьез никогда не рассматривалась. Версия о работе троцкистско-зиновьевской группы в политическом плане выглядела намного более перспективной. Неудивительно, что именно она быстро стала доминировать и легла в основу обвинения.
Ради ускорения рассмотрения дела 1 декабря 1934 года, непосредственно в день убийства, Президиум ЦИК СССР путем опроса принял протокольное постановление об изменении уголовно-процессуальных кодексов союзных республик в части порядка ведения дел о подготовке или совершении террористических актов. Возможно, что на деле это постановление было принято «задним числом», чтобы распространить его действие на расследование убийства первого секретаря Ленинградского обкома.
Постановление содержало пять «убийственных» пунктов: