В подготовке военных моряков к вооруженному восстанию большая роль принадлежит 2-му съезду Балтийского флота, начавшему свою работу 25 сентября (8 октября) в Гельсингфорсе. На съезде присутствовали преимущественно моряки, идущие за большевиками. В это время Центральный комитет партии выдвинул лозунг о созыве II съезда Советов и передаче власти Советам. Делегаты 2-го съезда Балтийского флота потребовали немедленного созыва II съезда Советов. Передача всей государственной власти Советам являлась основной целью 2-го съезда Балтийского флота. В ответ на решение съезда моряков Балтики черноморцы заявили: «Мы присоединяем свой голос к вашему горячему призыву, мы идем вместе с вами на баррикады последнего боя!» 2-й съезд Балтийского флота показал, что военные моряки действительно становятся надежной опорой большевиков в революционной борьбе за власть Советов.
Стремясь уничтожить Балтийский флот, прорваться к Петрограду, немцы предприняли крупную комбинированную операцию ВМФ и сухопутных сил (29 сентября – 20 октября 1917 г.) по овладению Моонзундскими островами в Балтийском море
, принадлежащими Российской республике. Победу одержала Германия. На осуществление операции враг бросил более 300 боевых и вспомогательных судов, свыше 100 самолетов и 25-тысячный десант. Эти силы превосходили эскадру Балтийского флота втрое. Ценой больших потерь немцам удалось захватить острова Эзель, Даго, Моон и Вормси, однако дальнейшее его продвижение было приостановлено. В боях за Моонзундские острова было уничтожено и повреждено до 50 кораблей и судов противника. Эти потери вынудили противника отказаться от прорыва в Финский залив.Русский флот потерял линкор «Слава», эсминец «Гром» и несколько других кораблей.
В то время как моряки Балтики мужественно сражались в Моонзундском проливе, Керенский телеграфировал: «Настал момент, когда Балтийский флот ценою своей крови должен искупить свои преступления и предательство». Эта телеграмма вызвала возмущение и негодование всех матросов. 2-й съезд Балтийского флота направил в ЦИК Петроградского Совета требование немедленно удалить из состава правительства Керенского. В адрес самого Керенского в этой резолюции было сказано: «Тебе же, предавшему революцию, Бонапарту Керенскому, шлем проклятья».
После 2-го съезда Балтийского флота Центробалт стал штабом по подготовке балтийских моряков к вооруженному восстанию, одним из опорных центров большевиков в дни октябрьских событий 1917 года. Но, кроме Центробалта, большевики еще нигде не имели большинства. Однако обстановка в пользу большевиков менялась каждый день. И так было не только на Балтике, но и на Черном море, на Севере и на Дальнем Востоке.
Большевики 10 (23) октября 1917 года на заседании ЦК партии приняли решение начать вооруженное восстание в ближайшие дни. По плану восстания Балтийскому флоту отводилось одно из решающих мест.
Поэтому большевики Балтийского флота приступили непосредственно к мобилизации и организации сил для вооруженного восстания. Главное внимание уделялось военно-технической подготовке восстания. Повсюду производился точный учет имеющегося оружия, а также принимались меры к нелегальной доставке его. Кронштадтцы доставляли оружие из Сестрорецка, матросы кораблей, базировавшихся на Гельсингфорс, по указанию Центробалта получали оружие от различных полковых комитетов.В Гельсингфорсе, Кронштадте и Ревеле, а также в других базах флота 17 (30) октября по указанию Центробалта судовые и береговые комитеты начали формировать боевые взводы и морские отряды.
Согласно решению Центробалта боевые взводы создавались на всех линейных кораблях, крейсерах и в береговых частях флота, имевших команду более 200 человек. В начале октября в Гельсингфорсе, Ревеле и Кронштадте начали формироваться десантные батальоны для участия в вооруженном восстании и отражении возможного вторжения немецких войск в Эстонию, Финляндию и Петроград.Подготовкой и организацией военных сил Кронштадта для свержения Временного правительства руководили Кронштадтский комитет партии и Военно-техническая комиссия Кронштадтского Совета, без одобрения которой ни один приказ не исполнялся.
20 октября (2 ноября) комиссары Центробалта установили полный контроль над телеграфом, телефонными станциями и радиостанциями всех баз Балтийского флота, весь командный состав был поставлен под контроль Центробалта. На заседании Кронштадтского Совета 23 октября (5 ноября) были избраны делегаты на 2-й Всероссийский съезд Советов, а также назначены 18 комиссаров в боевые отряды моряков, сформированные для участия в вооруженном восстании.