Белый Черноморский флот
был создан в январе 1919 года в Новороссийске в составе Добровольческой армии. В июле 1919 года база Черноморского флота была переведена в Севастополь. Черноморский флот подчинялся последовательно командованию Добровольческой армии, Вооруженным силам Юга России (ВСЮР) и Русской армии генерала барона П.Н. Врангеля. Командовали флотом в разное время вице-адмирал В.А. Канин; контр-адмирал, а позже вице-адмирал М.П. Саблин; вице-адмирал Д.В. Ненюков; вице-адмирал А.М. Герасимов; контр-адмирал, а позже вице-адмирал М.А. Кедров; контр-адмирал М.А. Беренс. После разгрома Белой армии генерал-лейтенанта П.М. Врангеля в Крыму в 1920 г. основная масса кораблей и судов Черноморского флота (33 вымпела) под командованием вице-адмирала М.А Кедрова ушла во французскую военно-морскую базу Бизерту (Тунис). Эта часть Черноморского флота белых была преобразована в Русскую эскадру и до 1924 года базировалась в порту Бизерта. В 1924 году Русская эскадра была расформирована, а ее корабли были переданы СССР. Однако переданные СССР корабли остались в Бизерте, а позднее они были проданы во Францию на металлолом. Андреевские флаги на этих кораблях были спущены 24 октября 1924 г. после признания СССР правительством Франции. Русские моряки перешли на положение беженцев.Сибирская военная флотилия
перешла на сторону Белого движения после выступления Чехословацкого корпуса в июле 1918 года, в ходе которого были захвачены суда флотилии. Командовали флотилией в разное время контр-адмирал С.Н. Тимирев, контр-адмирал М.И. Федорович, контр-адмирал М.А. Беренс, контр-адмирал Г.К. Старк. После образования Дальневосточной республики в 1920—1921 годах флотилия вошла в состав ее Народно-революционного флота, но после переворота во Владивостоке 26.05.1921 года вновь перешла в состав Белого флота. В ходе боевых действий провела ряд десантных операций. В октябре 1922 года после поражения белых один отряд кораблей флотилии эвакуировал из Владивостока 10 тысяч беженцев. Этот отряд под командованием адмирала Старка Г.К. взял курс на Филиппины и прибыл туда лишь в январе 1923 года. По пути часть кораблей затонула. Прибывшие на Филиппины корабли затем были проданы. Остальные корабли остались во Владивостоке и в конечном счете перешли в состав РККФ.После захвата войсками Антанты в августе 1918 года флотилия Северного Ледовитого океана
была включена в состав вооруженных сил Верховного управления Северной области, а затем Временного правительства Северной области. Флотилии Северного Ледовитого океана подчинялись гидрографические экспедиции Белого моря и Северного Ледовитого океана, а также ряд речных и озерных флотилий (Печорская, Северо-Двинская, Онежская), а также порты Архангельска и Мурманска.Флотилия Северного Ледовитого океана в основном занималась проводкой судов с грузами для армий Колчака и гидрографическим обеспечением флотилии. Командовали флотилией контр-адмирал Н.Э. Викорст, а затем контр-адмирал Л.Л. Иванов; гидрографическим обеспечением руководил контр-адмирал Б.А. Вилькицкий. После взятия Красной армией 21 февраля 1920 года Архангельска и 7 марта 1920 года Мурманска корабли флотилии были включены в состав РККФ.
Весной 1919 года была сформирована Каспийская флотилия
. Флотилия входила в состав ВСЮР, командовали флотилией капитан 1-го ранга, а затем контр-адмирал А.И. Сергеев, затем капитан 1-го ранга Б.М. Бушен. Каспийская флотилия вела активные боевые действия против красных: сражалась с кораблями Волжско-Каспийской флотилии РККФ в районе дельты реки Волга, вокруг Астрахани поставила минное заграждение из двухсот мин, обеспечив тем самым морскую блокаду города, оказывала существенную поддержку войскам белых на приморском фланге. В связи с успешным наступлением Красной армии, захватившей основные пункты базирования Каспийской флотилии в Гурьеве и Красноводске, вынуждена была в апреле 1920 года перебазироваться в Баку, а из Баку в находившийся под контролем союзной Великобритании иранский порт Энзели. В Энзели флотилия была фактически интернирована англичанами. 17—18 мая 1920 года после успешной Энзелийской операции красных 23 корабля флотилии и 4 гидросамолета были отбиты у англичан, возвращены в Советскую Россию и включены в состав РККФ.