Вообще, столкновение большевиков с их внутренними противниками в Петрограде и его окрестностях, что называется, «висело в воздухе» и не было неожиданностью. К нему готовились обе стороны. При анализе событий на Красной Горке надо иметь в виду и чисто военно-технические факторы. Накануне мятежа Красной Горки среди большевистских вождей шла очень серьезная дискуссия о судьбах балтийских кораблей.
Командование Красной армии в лице Л.Д. Троцкого предлагало радикально сократить число кораблей, а оставшиеся, по сути, превратить в плавучие батареи. Таким путем Л.Д. Троцкий стремился уничтожить антитроцкистскую матросскую оппозицию. И.В. Сталин, наоборот, выразил уверенность в экипажах балтийских кораблей.План восстания пришлось срочно менять. 12 июня красноармейские части, защищавшие непосредственные подступы к форту, перешли на сторону белых. На их замену красное командование выставило коммунистические отряды, имеющие идеологическую твердость. Один из таких отрядов, числом в 250 человек, был придан гарнизону Красной Горки, для его усиления. Это встревожило заговорщиков. К тому же произошел какой-то сбой, так как 12 июня на форте было проведено собрание, которое постановило арестовать Николая Неклюдова и ряд других заговорщиков. На собрании присутствовали лица, сообщившие все заговорщикам – красноармейцы Проселков Н. Д., выполнявший роль денщика Неклюдова, и секретарь коллектива Урбанс.
13 июня в 4 часа 30 мин. Неклюдов прибыл в преданную ему пулеметную команду и объявил, что форт окружен белыми, которые предлагают гарнизону сдаться. Также он сообщил, что коммунисты против этого, и что тогда их нужно нейтрализовать. Пулеметная команда арестовала всех коммунистов форта (25 чел.), коммунистический отряд, прибывший в форт накануне, во главе с его комиссаром И.В. Юклявским (250 чел.), и «сочувствующих» (100 чел.).
Около 8 часов утра 13 июня Неклюдов послал от имени восставшего форта две радиограммы. Первую – на финскую военную базу в Биорке о том, что форт перешел на сторону белых и полностью отдает себя в распоряжение финского командования. Вторую – в адрес кронштадтского гарнизона с ультиматумом о переходе на сторону восставших, в противном случае уничтожении Кронштадта артиллерийским огнем. Не получив ответа ни на одну радиограмму, форт около 15 часов дня начал вяло обстреливать Кронштадт из своих орудий. Обстрел, однако, был не прицельным и значительного ущерба не принес. Форт выступил под флагом «довольно братской крови», но сам первым открыл огонь по Кронштадту, самоуверенно пытаясь подтолкнуть его на выступление. Этот ультиматум, быть может, был самой роковой ошибкой мятежников. Он унижал Кронштадт и линкоры, для которых было немыслимо быть на вторых ролях в революции. Надо заметить, что среди команд линкоров сначала тоже были колебания. Линкор «Андрей Первозванный» даже пытался перейти на сторону восставших, но «Петропавловск» угрозой своих орудий заставил его вернуться обратно.
Для подавления мятежа был организован отряд кораблей Красного флота, состоявший из линкоров «Петропавловск», «Андрей Первозванный» и крейсера «Олег». А эскадренные миноносцы «Гавриил», «Свобода» и «Гайдамак» осуществляли разведку и охранение линкоров и крейсера. 13 июня вечером эти корабли вышли в море и начали интенсивный обстрел форта Красная Горка и прилегающих позиций, продолжавшийся в течение 14 и 15 июня (линкор «Петропавловск» начал обстреливать форт, еще стоя у стенки Кронштадта днем 13 июня). Всего кораблями было выпущено по форту 738 снарядов калибра 12 дюймов и 408 8-дюймовых снарядов (линкоры), 750 снарядов 130-мм (крейсер «Олег») и 145 – 100-мм (эсминцы).
Из моряков Красного флота было составлено три отряда добровольцев для высадки десанта, общей численностью 2100 человек. Они и два полка 7-й армии с приданными бронепоездом и броневиками должны были атаковать форт с суши. В подавлении восстания была задействована авиация – гидропланы бомбили форт и совершали разведывательные вылеты.