За время террора были арестованы видные руководители центральных органов флота: В.И. Зоф, Э.С. Панцержанский, А.К. Векман и др. Волна политических репрессий коснулась многих десятков талантливых советских ученых, конструкторов и организаторов советского судостроения. Среди них Н.В. Алякринский, А.Н. Асафов, С.А. Базилевский, В.И. Бекаури, В.Л. Бжезинский, С.Б. Волынский, П.Г. Гойнкис, Ф.И. Дормидонтов, Л.Х. Казин, А.С. Кассациер, К.Н. Коршунов, Г.Е. Липелис, Б.М. Малинин, В.А. Никитин, Э.Э. Папмель, В.Н. Перегудов, В.Ф. Попов, Н.И. Разин, В.П. Римский-Корсаков, А.В. Сперанский и другие.
Для компрометации фабриковались стандартные надуманные дела «вредителей и заговорщиков», членов «контрреволюционных организаций антисоветского военно-фашистского заговора, участники которого ставили целью при помощи интервенции со стороны Германии и Англии свергнуть советскую власть и восстановить капитализм в СССР», и т.п. Угрозами и пытками от обвиняемых получали нужные признания, от которых многие впоследствии отказались.
Обстановку страха, подозрений и накала репрессий часто нагнетали и отдельные деятели флота и судостроения. Например, прибывший в 1938 году на Тихоокеанский флот нарком ВМФ П.А. Смирнов своей главной задачей объявил «почистить флот от врагов народа». Заместитель наркома И.С. Исаков докладывал В.М. Молотову: «Имеет место неправильный набор людей на ответственные должности уполномоченных военпредов, среди которых оказываются враги народа… проведена тщательная проверка и очистка контрольно-приемного аппарата от врагов или сомнительных элементов» и т.п. Не поднимали голоса против репрессий и руководители судостроения, подтверждая свою приверженность сталинскому курсу на крупное судостроение: нарком судостроительной промышленности И.Ф. Тевосян в своем выступлении на XVIII съезде партии в угоду И.В. Сталину говорил: «Враги народа – агенты фашизма Тухачевский, Орлов и Муклевич и прочая мерзость – старались доказать, что нам не нужен мощный надводный флот». Общей атмосфере тоталитарного государства с его беззаконием и дефицитом гуманизма поддавались в то время и яркие положительные личности. Результатом этой борьбы с «вредителями», «врагами» и «сомнительными элементами» стала потеря многих ценных флотских командиров, специалистов и военных инженеров.
Заметим, что до 1960-х годов о массовых репрессиях на флоте не упоминалось. Отдельные крупицы информации об арестах, гибели и биографий пострадавших флотских командиров исследователи могли найти в монографиях и публикациях о становлении отечественного флота в предвоенные годы. Но и до настоящего времени, несмотря на открытость многих ранее засекреченных документов, политические репрессии начала 30-х годов на флоте не получили должного освещения, статистические сведения о результатах чисток отсутствуют, нет информации о судьбах сотен флотских командиров и начальников, о влиянии репрессий на состояние боеготовности флота накануне Второй мировой войны.
Волна необоснованных репрессий, прокатившихся по стране, не оставила в стороне и Северный флот. Уже 23 марта 1937 года был арестован начальник штаба отдельного дивизиона эсминцев и сторожевых кораблей Северной военной флотилии Э.И. Батис. 16 августа 1937 года был уволен со службы командир ПЛ Д-2 капитан 2-го ранга Рейснер Лев Михайлович. 20 октября уволили и арестовали пришедших с Балтики командиров ПЛ Щ-403 капитан-лейтенанта Ефимова Ивана Ефимовича и Щ-401 старшего лейтенанта Немченко Ивана Александровича. 21 ноября 1937 года командира 2-го дивизиона ПЛ капитана 3-го ранга Витковского Александра Вацлавовича «за утрату политической бдительности» арестовывают и увольняют с флота по статье 43 «Б».
На Военном совете РККА в ноябре 1937 г. командующий СФ К.И. Душенов доложил следующее: «За это время непрерывно шел процесс проверки начальствующего состава, отсев людей враждебных и ненадежных выразился в общей сложности к наличному составу – 6,3 %. Примерно такой же процентный отсев произошел на Балтийском море, на Черном море – больше. Чистка начсостава флота, которую мы производили, еще не закончена». Ему вторил член Военного совета СФ П.П. Байрачный: «Политическое настроение и политико-моральное состояние личного состава флота, в связи с мероприятиями, проводимыми партией и правительством по выкорчевыванию врагов, – крепкое. Личный состав единодушно встретил с большим высоким одобрением выдвижение молодых кадров начальствующего состава…»