Смута не принесла Пудожу ничего хорошего. Олонецкий край наводнили воровские шайки, состоявшие из поляков, запорожских казаков и просто разного сброда. Двумя самыми крупными отрядами разбойников командовали польский полковник Барышполец и атаман Сидор Острожский.
В декабре 1612 года воры разграбили монастырь на Муромском озере и соседний Андомский погост, от которого до Пудожа всего семьдесят верст. К счастью, дороги к Пудожу вели плохие, места здесь болотистые, но… Встревоженные крестьяне Пудожского погоста и уезда вместе со своими старостами и целовальниками отправили гонца в Каргополь к тамошнему воеводе Алексею Ивановичу Зюзину с просьбой о помощи, в которой писали: «Было-де воров триста человек, а ныне-де к ним идут триста человек… и вам бы господа, нас ворам не подати; а стать бы вместе на литовских людей и засеки, где пригоже крепити, а воров бы в поречья не пропустити…»
Каргополю, который в этом же году несколько раз осаждали поляки и литовцы, было совсем не до Пудожа. Ответа каргопольского воеводы пудожане не дождались. Правда, в 1613 году в эти места послали воеводу Богдана Чулкова, собравшего под свою команду местных крестьян. Отряд Чулкова сумел отбить поляков, литовцев и казаков, хотевших взять приступом Андомский погост, и отогнать разбойников, которые вскоре отошли на север, к Холмогорам. Правда, часть разбойников откололась от своих основных сил и еще три долгих года не давала покоя своими набегами пудожским и андомским деревням.
С одной стороны, документов о том, что Пудожский погост был разграблен разбойничьими шайками, не найдено, но с другой… половина деревень Пудожского погоста за время Смуты обезлюдела. Впервые на погосте появились дворы бобылей. Всего на погосте в 1616 году, по данным писцовой книги, проживало менее двухсот человек, включая священников и монахов. Оправиться от последствий Смуты Пудожский край смог только к середине семнадцатого века.
Тут бы и написать, что вторая половина семнадцатого века прошла в Пудожском крае тихо и спокойно. Старик ловил неводом рыбу, старуха пряла свою пряжу… Тем более что рыба в Водле и Онежском озере по-прежнему была, неводы приходили не с тиной, а с налимами, лососями и сигами, лен рос, холсты ткались и даже корыта… но нет. Москва стала укреплять границу со шведами, от которых настрадалась во время Смуты, и по всей Карелии начали создавать полки пашенных солдат. Пашенные солдаты были чем-то вроде пограничников, у которых в одной руке была сабля, бердыш, пистолет и пищаль, а в другой – соха, борона, веялка и молотилка. Понятное дело, что при таком количестве оружия и сельскохозяйственных орудий руки у крестьян просто опускались и даже отваливались. Нужно было нести пограничную службу, если необходимо – принимать участие в военных походах против Швеции или Польши, а в промежутках между дозорами и походами успевать сеять, веять и молотить, не забывая о воспроизводстве самих себя. Дьячок Пудожского погоста Алексей Калинин, служивший писарем в одном из пашенных полков, писал в своей челобитной: «Приходилось мне писать беспрестанно во всякий день у тех солдат во всех трех ротах, а мой деревенский участок пахать некому. Обнищал я и осиротел… я человек одинокий погиб и питаться нечем».
В 1666 году власти смилостивились и отменили службу в пашенных полках, но… увеличили налоги. Так увеличили, что разорили крестьян, и без того разоренных службой в пашенных полках. Потом налоговое бремя немного уменьшили, потом снова увеличили… Крестьяне стали убегать. В 1678 году в Пудожском крае опустело более двух десятков деревень – их жители уходили в соседние и не только в соседние уезды. Наконец оставшиеся решили жаловаться. В 1677 году уговорили пудожане крестьянина Кондратия Прокопьева завернуть коллективную жалобу в чистую тряпицу, спрятать ее под нагольный тулуп и отправиться в Москву. Пришел он в Москву и там обнаружил таких же, как и он, ходоков из Олонецкого, Кижского, Андомского и других погостов. Собрались ходоки вместе, скинулись по копеечке, а то и по гривеннику, наняли приказного, почесал он пером за ухом и написал общую жалобу ото всех погостов, и эту жалобу жалоб они отнесли в Новгородский приказ. Два года ее приказные крючки рассматривали. Два года челобитчики жили в столице, работали разносчиками сбитня и горохового киселя, плотниками, укладчиками деревянных тротуаров, подавали овес и сено на лошадиных заправках, наконец просто побирались Христовым именем, пока жалобу… не признали ложной, а самих ходоков не велено было бить кнутом.