Буксир СП-11 10.08.1941 г. потоплен немецкой фугасной бомобой у Очакова при буксировке из Николаева в Севастополь недостроенного крейсера «Фрунзе» (типа «Чапаев», проект 68), на борту которого находилось оборудование завода и семьи рабочих. Корабль буксировался без боевого охранения и был беззащитен перед немецкой авиацией. Ситуацию спас буксир СП-9, продолживший буксировку.
Более или менее организованная эвакуация началась только 11 числа, когда ситуация была уже критической. Одновременно с этим в Николаев и на Тендровскую косу были переброшены батальон морской пехоты Дунайской флотилии, 17-я пульрота и несколько подвижных батарей. Был сформирован сводный полк морской пехоты Николаевской военно-морской базы. Большая заслуга Г.И. Левченко заключается в том, что он смог навести порядок и начать эвакуацию недостроенных кораблей и грузов, привлекая для этого весь возможный тоннаж.
13 августа морской буксир «Симеиз» (капитан В.А. Вечный) под обстрелом немецкой артиллерии вывел из Николаева эскадренный миноносец «Огневой». Вместе с ним шел ледокол «С. Макаров» (капитан Д.Т. Чертков), буксировавший недостроенный крейсер «Куйбышев» с оборудованием заводов и эвакуируемыми семьями рабочих. В Очакове на помощь подоспел морской буксир «Тайфун» (капитан И.К. Омельянов). Двойной тягой они привели эсминец «Огневой» в Севастополь. Здесь «Симеиз» принял на буксир лидер «Минск» и отбуксировал его в Керчь.
На следующий день, 14 августа, из Очакова в Севастополь был выведен недостроенный эскадренный миноносец «Опасный». Некоторые недостроенные корабли и подводные лодки эвакуировались из Николаева своим ходом.
Подводная лодка Л-24 командованием капитан-лейтенанта Андрея Антоновича Косенко вышла в Севастополь 13 августа 1941 г., не имея аккумуляторных батарей. На лодке отсутствовали многие механизмы, она не могла погружаться. Вместе с экипажем на подводной лодке шла сдаточная команда во главе со строителем М.И. Бычковым и механиком А.А. Змейцыным. На выходе из города лодку обстреляла артиллерия противника, а в районе Тарханкут Л-24 попала в сильный шторм.
Однотипная с ней Л-25, находившаяся в меньшей степени готовности, была выведена на буксире. Одновременно с ней из Николаева были отбуксированы недостроенные подводные лодки С-34 и С-35. К сожалению, не обошлось и без потерь. Выводившиеся из Николаева корабли и суда почему-то боевыми кораблями не прикрывались.
13 августа транспорт «Полина Осипенко» (капитан А.А. Орлов) покинул Николаев, направляясь в Одессу. На его борту находилось 1500 пассажиров и 4 тыс. т зерна, а на буксире – два недостроенных военных корабля (лидер «Киев» и подводная лодка С-35). В Днепробугском лимане и на Очаковском канале караван был трижды атакован самолетами противника. От прямого попадания бомбы теплоход загорелся и стал тонуть. Капитан, передав буксируемые корабли другим судам, сумел дотянуть до береговой отмели. Здесь с помощью подоспевших рыболовных судов и военных катеров он организовал спасение пассажиров. А.А. Орлов покинул теплоход последним.
Далеко не все имущество Николаевской военно-морской базы удалось эвакуировать. Так, к примеру, противник захватил две новейших спаренных башенных 76-мм установки, предназначавшихся для эсминцев типа «Огневой». Эти орудия впоследствии использовались в немецкой береговой артиллерии.
Не удалось эвакуировать и часть недостроенных кораблей и судов. Так, к примеру, теплоход «Степан Разин» (2150 брт), захваченный на заводе им. 61 коммунара, был достроен немцами и переименован в «Alarich». Судно использовалось в течение всей войны, затем при отступлении затоплено в Браиле. Поднят в мае 1945 г. и возвращен СССР, находился в эксплуатации до 1971 г.
В составе немецких транспортов в 1942–1943 гг. числился большой теплоход «Boy Peddersen». На самом деле это бывший советский теплоход «Харьков», 6689 брт, захваченный и восстановленный немцами.
Интересно, но эвакуацию из Николаева обеспечивали только корабли Одесской военной базы и «отряда». Боевые корабли к этому не привлекались.
Обеспечивая буксировку и выход транспортов из Днепро-Бугского лимана, погиб тральщик Т-503 «Байкал» (5-й дивизион тральщиков ОВМБ), потопленный немецкой авиацией. Через несколько часов погиб Т-487 «Очаковский канал» (4-й дивизион тральщиков ОВМБ), получив попадание нескольких авиабомб. Корабль, имевший на буксире баржу, был лишен возможности маневрировать и не смог уклониться от бомб.
Пока с противником сражались мобилизованные суда, основной состав флота был надежно спрятан в Севастопольской и Новороссийской бухтах. Флот прикрыли от налетов противника большим количеством зенитной артиллерии (только в Севастополе на тот момент находились два зенитно-артиллерийских полка и два отдельных зенитных дивизиона).