Задача морской блокады Кубанского плацдарма была поставлена наркомом ВМФ 5 февраля. Уже на следующий день появилась директива Военного совета флота, в которой ставились задачи эскадре, бригадам торпедных катеров, траления и заграждения, подводных лодок, а также ВВС флота. С 8 февраля была установлена блокада побережья противника от Анапы до Феодосии, продолжительность которой планировалась на 10 суток. Этот срок определялся из предположения, что войска противника будут осуществлять эвакуацию с Кубани через свободные ото льда якорные стоянки южного побережья Таманского полуострова. В первой блокадной линии от Анапы до Керченского пролива находились торпедные катера, во второй – от Анапы до Феодосии – эсминцы и сторожевики, в третьей – две подлодки у Феодосии. До 3 марта катера совершили 69 выходов, эсминцы – семь, сторожевики – два, БТЩ – 11. Нашим блокадным силам, выходившим на патрулирование исключительно в ночное время, не удалось встретить противника в море за исключением подлодок и торпедных катеров. Внутрь Керченского пролива они проникнуть не пытались, (речь идет о блокадных действиях; 28 февраля и 12 марта специально выделенные группы катеров пытались торпедировать суда в порту Камыш-Бурун), что следует признать разумным, во-первых, потому, что в ночное время перевозки там отсутствовали, во-вторых, потому, что еще перед открытием навигации противник прикрыл вход в пролив минными полями. Опасаясь потерь от «шнелльботов», с 18 февраля командование перестало высылать в море эсминцы, а с 25 февраля и тральщики. Вражеские конвои начали ходить в Анапу только с 23 февраля, но их график был составлен таким образом, что в ночное время немецкие баржи стояли на якоре под берегом у мыса Железный Рог. На фоне берега наши катера ни разу не смогли их обнаружить, хотя с барж шум катерных моторов фиксировался неоднократно. В результате единственной действенной силой блокады оказалась авиация флота, которая в период проведения операции произвела 885 самолето-вылетов и нанесла 17 ударов по Тамани, 13 по Анапе, 9 по Гадючьему Куту и 3 по Феодосии. Поскольку большая их часть наносилась в темное время суток, результаты оказались весьма скромными и составили одну уничтоженную БДБ и одну поврежденную. Вскоре командование флотом убедилось, что противник не планирует в ближайшее время эвакуироваться с Тамани, и с 15 марта переразвернуло подлодки, сосредоточенные с февраля в Феодосийском заливе, на коммуникации у западного побережья Крыма. Был отменен и блокадный дозор торпедных катеров.
Впрочем, идеи перерезать линии снабжения Кубанского плацдарма возникали и позже. Так, 28 мая в разгар очередного сражения в районе станицы Крымской командующий Северо-Кавказским фронтом приказал ЧФ прервать коммуникации противника на Азовском и Черном морях, а также подготовить и не позднее 5 июня провести набеговые операции в районах Темрюка и Анапы. Новый командующий флотом вице-адмирал Владимирский решил ограничиться ночным ударом торпедных катеров и гидросамолетов по Анапе (хотя к тому моменту уже было точно установлено, что немецкие корабли на ночь в этом порту не остаются), а также демонстративным выходом кораблей эскадры к мысу Пицунда. Никакого переразвертывания или развертывания дополнительных сил на коммуникации противника не производилось. Таким образом, большую часть и этой кампании различные рода сил флота в рамках операций не взаимодействовали, а вели каждый свою борьбу по мере сил и возможностей.
Главной ударной силой в ближней зоне коммуникаций, безусловно, были ВВС ЧФ, но в ходе кампании активность различных родов авиации и способы их действий претерпели значительные изменения.
В 1-м квартале наиболее интенсивно действовала минно-торпедная авиация (точнее, ее единственный авиаполк) по портам и якорным стоянкам противника. Самолеты части произвели 52 удара по Тамани (133 с/в), 29 по Керчи (43 с/в), 5 по Ялте и по 3 по Анапе и Феодосии. Из 93 ударов 45 были произведены в ночное время. 40-й бап на самолетах Пе-2 произвел 26 ударов по Тамани (60 с/в), 10 ударов (16 с/в) по Керчи, 7 (20) по Гадючему Куту, 3 по Анапе и 1 по Ялте. 25 февраля полностью лишившийся техники личный состав полка убыл на завод. Приведенная выше картина явно свидетельствовала в пользу того, что наше командование всемерно пыталось увеличить количество авиаударов в ущерб их качеству – в среднем состав атакующей группы составлял 2,16–2,3 бомбардировщика. При этом вылетов для удара по судам в море практически не было. Вклад штурмовой авиации был еще меньшим – за квартал два ее полка произвели по морским целям всего 77 самолето-вылетов, включая в эту цифру удары по немецким торпедным катерам у берегов Кавказа. Эти вылеты составляли чуть более 13 % от общего числа, совершенного в течение квартала штурмовиками, что неудивительно, поскольку их основной задачей являлась поддержка войск Новороссийского оборонительного района.