Со 2-го квартала морская авиация начала разворачиваться лицом к морю. Для бомбардировочной авиации практически прекратились вылеты для ударов по аэродромам, железнодорожным станциям и позициям войск, хотя у штурмовиков такие вылеты все еще составляли 55 % от общего числа. С мая значительно выросло число ударов по кораблям противника в море. С этой целью бомбардировщики совершили в течение квартала 184 самолето-вылета (в 1-м квартале всего шесть). Этот прирост во многом объяснялся вводом в боевой состав ВВС авиаполка на американских самолетах «Бостон». Кроме того, еще 223 самолето-вылета бомбардировщиков имели своей целью порты. Штурмовики совершили 145 самолето-вылетов, в основном по целям в море. Их атаками в течение мая из состава анапских конвоев было уничтожено четыре БДБ. В то же время сами удары как бомбардировщиков, так и штурмовиков осуществлялись группами от четырех до девяти машин, что было явно мало в сравнении со средним составом конвоев. Отчеты авиабригад свидетельствуют, что качество молодого пополнения, поступавшего в части, было в этот период крайне слабым, и это отражалось не только на точности бомбометания (пилоты Пе-2 освоили бомбометание с пикирования только к 4-му кварталу года), но и на умении совершать противозенитный маневр. Кроме того, концентрация в районе Тамани больших сил авиации противника приводила к регулярным воздушным боям и чувствительным потерям, поскольку, как показала практика, истребители сопровождения качественно выполняли поставленные задачи далеко не всегда. В результате во 2-м квартале на одну потерю штурмовика приходилось всего 13 вылетов, что явилось худшим показателем за весь год (за год в среднем 24,6 вылета на одну потерю). В середине июня один из двух штурмовых авиаполков на два месяца был выведен на пополнение.
В 3-м квартале характер использования авиации оставался прежним. Бомбардировочная авиация произвела 208 самолето-вылетов для ударов по целям в море и 637 по портам (с учетом вылетов летающих лодок МБР-2 в качестве ночных бомбардировщиков), штурмовики – 324 самолето-вылета, что составило 33,7 % от общего объема их деятельности. Единственным нововведением было некоторое увеличение состава атакующих групп штурмовиков, число которых в некоторых заранее тщательно спланированных ударах по таманским гаваням могли достигать 20 машин. Это стало прямым следствием указаний наркома ВМФ. Так, 19 июня в своей директиве № 9/558 он указывал: «В настоящее время разрозненные действия отдельных групп самолетов по плавсредствам противника в Керчь-проливе большого эффекта не имеют и являются булавочными уколами. Большей эффективности можно достичь только массовыми продолжительными налетами, спланированными заблаговременно по месту и времени. Рекомендую провести одну-две операции ВВС СКФ совместно с ВВС ЧФ с использованием больших масс самолетов для нанесения мощных ударов в продолжении всего ночного времени. Целесообразно эту операцию подготовить после тщательной разведки действующих трасс, скопления плавучих средств». Стала выделяться группа подавления зенитной артиллерии, чего не было раньше. И все-таки реальная результативность ударов была недостаточной для того, чтобы серьезно затруднить противнику выполнение его задач. Тем более что удары зачастую не были направлены на достижение какого-то значимого результата. Например, группы штурмовиков, атаковавшие анапские конвои, как правило, получали задачу потопить две баржи, при том, что в составе конвоев их могло быть шесть-семь. После нанесения удара вне зависимости от его результатов повторные вылеты не производились, даже несмотря на то, что на аэродромах имелись боеготовые самолеты, да и само расстояние от Анапы до аэродромов в районе Геленджика составляло всего около 40 км. При наличии других задач группы для атаки анапских конвоев вообще не выделялись. Вследствие такого положения дел из 190 прошедших конвоев, по немецким данным, атакам с воздуха подверглись лишь 27. Потеряно при этом было четыре БДБ (все в мае), еще шесть получили серьезные повреждения. За весь период существования маршрута противник доставил в Анапу 61 717 т грузов, а не достигло пунктов назначения менее тысячи тонн.
Другим характерным примером явились действия ВВС ЧФ в период проведения операции «Викинг», когда с рассвета 9 октября до наступления темноты 10 октября на переходе вдоль южного берега Крыма находилось три крупных конвоя примерно по 70 плавсредств в каждом. Суда двигались со скоростью 3,5–4 узла, некоторые буксировали друг друга. ВВС ЧФ за двое суток произвели по ним пять групповых ударов, в которых приняли участие в общей сложности 16 Ил-2, 28 Пе-2 и 14 А-20. По докладам, летчики потопили танкер, транспорт, 15 БДБ, пять паромов «Зибеля», три сухогрузных баржи, сторожевой катер и мотобот, в реальности – лишь один паром «Зибеля». Справедливости ради нужно отметить, что караваны имели прикрытие из румынских истребителей, но единственная потеря – сбитый Ил-2 – пришлась на счет корабельной зенитной артиллерии.