Поскольку морскую блокаду прорвать оказалось сложно, с 10 ноября началось регулярное снабжение войск на Эльтигенском плацдарме по воздуху. Днем для этого привлекались штурмовики Ил-2 флотской и фронтовой авиации, ночью – У-2 легких бомбардировочных полков. Всего на сброс грузов «Илы» сделали 782 успешных самолето-вылета, У-2–1260. Из 753,2 т, отгруженных в Эльтиген с 1 ноября по 6 декабря, по воздуху было отправлено 393 т грузов (52 % от общего объема), а получено десантниками 276 т, в т. ч. 156 сброшенных авиацией (57 %). Хотя потери грузов при сбросе авиацией были высоки (часть грузов падала в море или в расположении противника, часть приходила в негодность при падении или расхищалась на передовой), в среднем по воздуху доходило 40 % отправленного, а по морю 33 %. Правда, при доставке по воздуху все потери грузов были безвозвратными, а на море большая часть недоставленных грузов привозилась назад. Доставка грузов авиацией обеспечила выживание десантников, но обошлась во всех смыслах дорого. За время операции с этой целью была совершена почти четверть вылетов Ил-2 и более 40 % вылетов боевых У-2. Кроме того, Ил-2 на каждый килограмм полученного десантниками груза расходовали более 6 кг топлива.
Изначально снабжение по воздуху считалось временной мерой, необходимость в которой отпадет после срыва морской блокады. Основным средством борьбы с блокадными силами стали налеты авиации на базы (Феодосия, Киик-Атлама, Камыш-Бурун, Керчь). С этой целью Ил-2 и Пе-2 сделали 401 и 91 самолето-вылет соответственно. Изгнание немецкого флота из Камыш-Буруна не позволило бы ему поддерживать эффективную блокаду. Эта база неоднократно подвергалась налетам, в ней погибли шесть БДБ, многие получили повреждения. В декабре были моменты, когда в Камыш-Буруне оставались всего две боеспособные баржи. Однако окончательно воспретить базирование здесь так и не удалось из-за малого числа летных дней, отвлечения штурмовой авиации на снабжение Эльтигена и отсутствия должной целеустремленности. Камыш-Бурун также обстреливался береговой артиллерией флота, но результаты оказались незначительными. Основная причина – отсутствие корректировки. Лишь 20 ноября к работе смог приступить 2-й артиллерийский авиаотряд. Он успел сделать несколько вылетов, но лишь один из них закончился корректировкой огня, благодаря которому удалось нанести осколочные повреждения нескольким БДБ.
Минное оружие против блокадных сил было применено только под давлением армии, слишком поздно и неудачно. В ночи на 22 и на 26 ноября бронекатер выставил по 14 мин «Р-1» на предполагаемом пути выхода БДБ из Камыш-Буруна. Мины оказались выставлены восточнее фарватера и потерь не причинили.
Безуспешность мер против блокадных сил заставила штаб 3-й группы высадки обратиться к экзотическим формам борьбы. В ночь на 16 ноября был произведен неудачный выход отрядов катеров с целью взять немецкие БДБ на абордаж. Затем прорабатывался план внезапной ночной атаки оснащенных торпедными аппаратами ботов ПВО в свете прожектора, установленного на одном из ботов. До этого дело не дошло. Готовился, но не был осуществлен до падения Эльтигена удар по Камыш-Буруну радиоуправляемым катером-брандером. Этот удар состоялся 16 декабря, но закончился неудачей.
В роли блокадопрорывателей использовались бронекатера и боты ПВО. Иногда им удавалось незаметно или с боем проскочить в Эльтиген, но систематического снабжения по морю так и не получилось. При этом с 12 ноября и до начала штурма Эльтигена в боях с немецким флотом погибли пять плавсредств и многие получили повреждения, еще одно пропало и одно погибло на мине. Немецкие корабли отделались немногочисленными повреждениями. Блокада настолько истощила защитников Эльтигена, что в декабре они не смогли отбиться от румынских войск, хотя до этого успешно боролись с первоклассной немецкой дивизией.