22 апреля перед реорганизованной 1-й бригадой траления была поставлена задача очистить от мин подходы к Крыму. На первом этапе тральщикам надлежало обезопасить гавань Феодосии и Двуякорную бухту, а также протралить фарватер от Керченского пролива. При этом были уничтожены 224 якорных и одна неконтактная мины, а также 57 минных защитников. Интересно отметить, что еще 11 донных мин, установленных в феодосийском порту, были найдены и подняты водолазами уже после окончания войны. Ни одной мины при тралении не было обнаружено в гавани Ялты, где до того «разрядилась» немецкая БДБ F 572. По-видимому, при их подготовке на минном складе были допущены серьезные ошибки, так как обе извлеченные позже водолазами мины находились в небоеготовом состоянии.
22 мая Феодосия и Ялта были полностью открыты для приема кораблей, после чего главной задачей для 1-й бригады стало траление Севастополя и подходов к нему. Работы выполнялись в несколько этапов и по плану должны были завершиться к 1 ноября. Несмотря на сосредоточение в Севастополе лучших тралящих средств и кораблей со всего театра, результаты траления сложно оценить однозначно. Из более чем 100 донных мин, выставленных противником перед оставлением Севастополя и Балаклавы, с середины июня до начала октября электромагнитными тралами были вытралены лишь 10. Кроме того, два боеприпаса были подняты водолазами и один подорван глубинными бомбами. Для получения этого результата пришлось сбросить 1018 бомб. В ходе проведения работ на уже протраленных участках 16 августа подорвался катер-тральщик (затонул), 19 октября – буксир (получил повреждения), что характеризовало качество траления как не слишком высокое. Оно, по-видимому, было обусловлено тем, что бухту тралили петлевыми тралами, заведенными с берега и катерами-тральщиками. При этом катерные электромагнитные тралы КЭМТ-2 давали надежный результат лишь в районах моря с глубинами не более 12 м. С 15 октября к тралению Северной бухты и внешнего рейда приступил оснащенный комплектом импортных тралов БТЩ Т-407, которому до 1 ноября удалось уничтожить еще 30 донных мин – в два с лишним раза больше, чем всем тралбаржам и катерам-тральщикам 1-й бригады за предыдущие почти 4 месяца. В этой связи интересно отметить, что приказ об оснащении британскими тралами типа «ЛЛ» кораблей ЧФ был отдан наркомом ВМФ только 9 июня, и Т-407 являлся на момент траления Севастопольской бухты единственным на флоте электромагнитным тральщиком, обладавшим ими. С другой стороны, обе поднятые водолазами мины «ящичного типа» RMH (помимо них, в Севастопольской бухте ставились мины типа LMB, обладавшие гораздо большей надежностью) оказались в небоеготовом состоянии. Ненадежность мин RMH еще раз подтвердилась при водолазном обследовании Севастопольской бухты в 1951–1953 гг., когда на дне были обнаружены и уничтожены 24 такие мины и только две типа LMB. Это отчасти объясняет, почему столь массированная минная постановка при слабом качестве траления не имела соответствующего результата. К слову сказать, с учетом вышеприведенных данных, гипотеза о подрыве линкора «Новороссийск» на мине типа RMH в октябре 1955 г. выглядит совершенно невероятно.
Одновременно 2-я бригада траления, сформированная в конце апреля, очищала от мин Керченский пролив. Об объеме проделанной работы говорят следующие цифры: всего в 1944 г. в ходе траления в проливной зоне и в Азовском море было вытралено и уничтожено 617 мин и минных защитников. Продолжительные сроки траления – фактически до конца кампании – объяснялись плохим техническим состоянием тральных кораблей и хронической нехваткой топлива. Так, например, в течение июля для траления фарватеров на всем Черноморском театре было осуществлено 113 выходов тральщиков, что составляло лишь 20 % от потенциала тральных сил. Потери в районе Керченского пролива на минах с мая по сентябрь составили тендер и два катера-тральщика.