Вместе со знаменем Большого полка в кремлёвском храме вручались и другие войсковые святыни: походная церковь со всякой церковной утварью и «Чудотворный нерукотворённый Спасителев образ; Святый Животворящий Крест Господень, в нём же власы его Спасителевы, которого Святого и Животворящего Креста силой благочестивый царь Константин победил нечестивого Макеектия».
После окончания этой торжественной церемонии ближний боярин Шеин пригласил генералов осмотреть его походный шатёр, при котором состояло шесть барашей (жителей Барашской слободы в Москве, придворных шатёрщиков. —
«На стол сукна червчатого доброго три аршина, бумаги доброй 10, средней 20 стоп, 8 стульев кожаных немецких, 4 тюфяка, в том числе 3 кожаных, 1 суконный, 2 чернилицы оловянные столовые, двои счота, двои ножницы, два клея, 6 песошниц, 2 кераксы, 4 шандала медных, вески болшие, вески малые, 2 фунта, 25 шандалов деревянных, 6 щипцы, свеч восковых полпуда, свеч салных маканых 5 пудов, мелких 5000, чернил росхожых 6 вёдр, добрых полведра, 7 коробей на полковые дела, к ним 7 замков».
Такой была походная канцелярия и шатёр генералиссимуса Алексея Семёновича Шеина. Для их перевозки был снаряжен целый обоз, данный всё тем же Разрядным приказом:
«6 телег с палубы и с колёсы, колеса со втулки, и оси с поддоски железными, да к ним 6 замков немецких, 4 хомута с пряжками, 17 ценовой, 40 рогож простых, 30 верёвок, чем обвязывать телеги, 3 короба с рогожи и с верёвки, в чём положить салные свечи, фонарь болшой».
Патрику Гордону как генералу пришлось принять участие в приёме армейских должностных лиц — военных переводчиков и медиков. Из Посольского приказа в Азовский поход командировали несколько толмачей «разных языков». Шеину была дадена походная аптека под начальством думного дворянина Ивана Евстрафовича Власова.
Что же касается медиков, то Патрик Гордон многих из них лично знал по Немецкой слободе. Аптекарский приказ («Министерство здравоохранения Русского царства». —
Большой полк, численность которого определил Разрядный и Стрелецкий приказы, составлял свыше 46 тысяч человек. Всего же под Азовом должно было собраться примерно 75 тысяч воинов. Это было больше, чем в первом неудачном походе на султанскую крепость.
Всего для участия во Втором Азовском походе насчитывалось следующее количество ратных людей: московского чина конного строя, стольников, стряпчих, столичных дворян и жильцов — 3186 человек, 30 солдатских полков — 38800 человек, 13 стрелецких полков — 9597 стрельцов, 6 малороссийских полков — 15 тысяч казаков, донских пеших и конных казаков — 5 тысяч, конных калмыков — до 3000 всадников, яицких (уральских), царицынских, саратовских, самарских и красноярских казаков и низовых конных стрельцов — 500 человек.
Во главе донского казачества по-прежнему стоял атаман Фрол Минаев, о котором Патрик Гордон в своём «Дневнике» отзывался самым добрым словом. Малороссийскими казаками командовал черниговский полковник, наказной атаман Яков Лизогуб. Во главе яицких казаков стоял их походный атаман Андрей Головач.
Действующие войска — солдатскую и стрелецкую пехоту — разделили на сей раз на четыре огромных по численности «полка». Командирами их были назначены высочайшим указом государей всея Руси генералы Пётр Иванович Гордон, Франц Яковлевич Лефорт, Автоном Михайлович Головин и Карл Андреевич Ригеман. По сути дела, эти «полки» представляли собой армейские корпуса.
Патрик Гордон деятельно начал заниматься формированием своего полка. В его состав вошли его любимый Бутырский, четыре тамбовских, два низовых солдатских (волжских) и два рязанских солдатских полка, семь стрелецких полков — полковников Конищева, Колзакова, Чёрного, Елчанинова, Кривцова, Протопопова и Мартемьяна Фёдоровича Сухарева. Родной брат последнего — Михаил — тоже командовал стрелецким полком в головинском корпусе.
Всего в составе 16 гордоновских полков числилось 369 начальных людей — офицеров, 9060 солдат и 4688 стрельцов. Согласно разрядным спискам «полк» генерала-шотландца состоял из 14 117 человек. По численности он оказался самым большим. «Потешные» Преображенский и Семёновский полки вновь не попали под начальство Патрика Гордона — им было назначено состоять в войсках генерала Головина. Там же значился и «капитан Пётр Алексеев».
В январе после начала хлопот по организации нового Азовского похода царь занемог и слёг. Во время болезни он не покидал села. Патрик Гордон в этот месяц несколько раз посещал его то один, то вместе с генералиссимусом Алексеем Семёновичем Шеиным. Разговор на аудиенциях шёл «о различных предметах», как пишет шотландец в своём «Дневнике». Но первый вопрос, который Пётр задавал своим военачальникам, был, разумеется, о делах походных: