«Морской караван» состоял из 28 рот, каждой из которых командовали два офицера в звании капитана и поручика. Штаб адмирала Франца Лефорта состоял из подполковника, трёх майоров и 12 обер-офицеров. Сам царь — Пётр Алексеев по списку — командовал четвёртой ротой в звании капитана. Первые три роты были адмиральской, вице-адмиральской и шаут-бейнахтской.
В царской роте были собраны все близкие государю люди по потешным играм из преображенцев — поручик Альбрехт Пиль, «кумадир» стольник Иван Головин, урядник Михаил Волков, боцман Таврило Меншиков, констапель Таврило Кобылин, подконстапель Иван Вернер, провиантмейстер сержант Моисей Буженинов. Всего в роте насчитывалось чуть более 200 человек.
Пётр пригласил своего наставника на смотрины полностью сформированной царской роты «морского каравана плавного пути», или, как его ещё называли иностранцы — «морского регимента». Генерал Патрик Гордон уже не удивлялся выправке преображенцев, которых давно не называли княжескими или дворянскими недорослями. Царь знал про это и потому сказал:
— Ваша милость, моих преображенцев ты знаешь, пожалуй, не хуже, чем своих бутырцев. А вот знамя новоделанное морского регимента ты видишь впервые. Смотри, какая воинская красота.
По приказанию государя два знамёнщика развернули большое полотнище малинового цвета с белой, затем голубой, обведённой золотыми полосками, каймой. По голубому фону шла надпись золотыми буквами:
«Пресветлейшего Великодержавнейшего и Богохранимого Монарха Великого и Великого Князя Петра Алексеевича, всея Великие и Малые и Белые России Самодержца».
В середине красовался золотой двуглавый орёл с воинственно поднятыми крыльями, держащий в лапах по копью. Под орлом шла морская синева с надписью: «Море». В нижних углах были изображены парусные корабли. Рядом с орлом — святые апостолы Пётр и Павел. Надписи на знамени — на «хартиях» — гласили: «Се вознесе главу мою на враги моя», «Десница твоя, Господи, прославися в крепости», «Дасти же сокрушиться супостаты твоя», «Прими копие Святое, яко дар от Бога», «Господи! Спаси Царя и услыши ны»„.
Прочитав с интересом все знаменные «хартии» и даже дотронувшись до знаменного полотнища, Патрик Гордон с восторгом высказался:
— Ваше царское величество, знамя есть украшение и святость воинства не только христианского. Знамя же морского каравана есть ещё и творение художественное...
Главнокомандующий определился уже 9 января. Князь Черкасский так и не поправился, и потому генералиссимусом стал боярин Алексей Семёнович Шеин. О том вышел высочайший указ государей Ивана и Петра Алексеевичей, в котором воеводе с его товарищами указывалось:
«...Быть на своей, великих государей, службе для промыслу над турским городом Азовом».
Генерал Патрик Гордон представился главнокомандующему как его первый помощник и армейский генерал-инженер, которому предстояло ведать всеми осадными работами. Петровские войска получили название «Большого полка». Сам Шеин получил титул «ближнего боярина и наместника псковского».
Царским указом ему придавался огромный походный штаб: «у большого полкового знамени воевода» стольник князь Пётр Григорьевич Львов, «генерал-профос», или войсковой судья, Михаил Никитич Львов, трое «посыльных воевод», «у ертоула воевода» — то есть передового полка или отряда, а также начальник артиллерии — «у большого наряда и зелейной и свинцовой казны и у всяких полковых припасов воевода». В штабе ещё числилось 174 «заводчика», 108 есаулов, 8 обозных начальников, 5 дозорщиков, 6 сторожеставцев и 8 заимщиков. Эти должности занимали царские стольники, стряпчие, столичные дворяне и жильцы.
18 января Патрик Гордон, одетый в парадную кирасу и стальной шлем с плюмажем, участвовал в торжественной церемонии в Московском Кремле: генералиссимус Шеин принимал «святыню» — знамя Большого полка. Шотландец видел его впервые. Знамя с изображением лика Христа принадлежало царю Ивану IV Васильевичу Грозному, бравшему его с собой в Казанский поход. То, что стяг отдавался войскам в Азовский поход, было решением Боярской думы.
Этому знамени суждено будет продолжать свою жизнь после азовской эпопеи в Оружейной палате Московского Кремля. Сохранилось его описание:
«Камча луданская червчатая, вшит образ Спасов Еммануил, бахрома золото пряденое, древко тощое, яблоко болшое резное, древко и яблоко позолочено сплошь, крест серебряной позолочен, вток, пряжка и запряжник и наконешник серебрёной; на знамя чюшка алаго английского сукна».
Знамя принимал генералиссимус Шеин. Присутствовавшие при сем генералы и воеводы встали на одно колено и перекрестились. Пётр Иванович Гордон был среди них в первом ряду. Перекрестившись, он произнёс привычные для него слова:
— Клянусь служить великим государям Московского царства верой и правдой. Аминь...