Разумеется, возникали не только вопросы, связанные с миграцией негров. Очень остро стояла вся негритянская проблема, чувствовалась острая необходимость научного обобщения многогранного опыта борьбы негров за свои права, глубокого всестороннего анализа всего комплекса проблем, связанных с негритянским вопросом, с новыми явлениями в развитии всей страны.
В сознании Дюбуа все более крепла уверенность в том, что ему есть что сказать миру, но вместе с тем он понимал, что ему еще не хватает необходимых знаний, чтобы сказать это достаточно аргументированно, научно обоснованно. Дюбуа писал: «Я понимал: чтобы разобраться в новой обстановке, в чрезвычайно сложных событиях, развивавшихся в Соединенных Штатах и во всем мире, мне нужно учиться дальше. Ведь я, в сущности, только приступил к изучению социальных условий Жизни».
У Дюбуа уже было твердое решение посвятить свою жизнь борьбе за освобождение негров. Однако возникал вопрос, какую избрать специальность, как обеспечить себе средства существования. Научные интересы Дюбуа к моменту завершения учебы в Гарварде уже определились, философия — наука наук безраздельно завоевала сердце молодого ученого. Несмотря на то, что его учитель Уильям Джеймс настойчиво повторял, что общество плохо оплачивает труд философов, что философу не прокормиться своим трудом, Дюбуа твердо решил посвятить себя изучению и преподаванию философии.
Вместе с тем у Дюбуа в Гарварде, в значительной мере под влиянием курса истории США, который с большим профессиональным искусством вел Элберт Харт, проявился большой интерес к истории, изучение которой он также хотел продолжить. «У меня, — писал Дюбуа, — возникла идея применить философию к исторической интерпретации расовых взаимоотношений. Иными словами, я пытался сделать первые шаги в социологии как науке о человеческой деятельности».
Социологии как науки в то время не существовало, но и после того как она завоевала себе право на существование, ей пришлось отстаивать это право в ожесточенной борьбе с доктринерами и догматиками слева и справа. И если сегодня эта наука получила полное признание и развивается быстрыми темпами, то во многом благодаря работам первых энтузиастов социологических исследований, к числу которых в США относится Уильям Дюбуа. Его социологические исследования о неграх, созданные в конце прошлого века, и сегодня являются классическими работами, без которых не обходится ни один серьезный исследователь истории негров США.
Работы эти, принесшие Дюбуа всеобщее признание, были созданы позже, а в период после завершения учебы в Гарварде перед ним стояла проблема выбора пути, который дал бы ему возможность заниматься и философией и историей, используя накапливаемые знания для практической деятельности в интересах решения негритянской проблемы в США.
Негритянской тематике Дюбуа остался верен всю жизнь. Это в равной степени относится к его трудам в области истории и социологии, его художественному творчеству, публицистике, редакторской деятельности, выступлениям как общественному деятелю. И первую свою серьезную научную работу он посвятил исследованиям в области негритянской истории. Потом, следуя совету своего учителя Элберта Харта, принялся за докторскую диссертацию о запрещении работорговли в Америке.
Блестящие способности, глубина научного анализа уже в первых работах, редкое трудолюбие, прекрасные отзывы профессоров Гарварда позволили Дюбуа добиться стипендии, и с 1890 по 1892 год он был аспирантом Гарварда, с огромным увлечением занимаясь изучением комплекса дисциплин, которые в настоящее время называются социологией. Работа над диссертацией продвигалась успешно, и весной 1892 года Дюбуа получил ученую степень магистра, а затем был избран членом Американского исторического общества.
Свидетельством большого интереса, проявленного американскими учеными уже к первым работам Дюбуа, было то, что в 1892 году его пригласили в Вашингтон выступить с докладом по теме докторской диссертации на заседании общества. Выступление Дюбуа прошло с огромным успехом. Трудно припомнить случай, чтобы молодой негритянский ученый получил столь быстрое признание в национальном масштабе. К тому времени негритянский народ уже дал Америке немало выдающихся деятелей в области искусства, художественной литературы, общественной деятельности.