Шовинизм проявлялся в Гарварде довольно отчетливо, в университете, например, пренебрежительно относились к ирландцам и евреям. Но особенно дискриминировались негры. Причем расизм находил свое проявление не только в антинегритянских выступлениях отдельных студентов, расистские теории нередко проповедовались и с университетских кафедр. В частности, в лекциях о биолого-расовой эволюции настойчиво подчеркивалось, что имеются существенные различия между основными группами людей, и, как само собой разумеющееся, отмечалось, что на самой низкой стадии развития находятся негры. Дюбуа запомнилось посещение музея, где были экспонированы скелеты, начиная от обезьяны и кончая белым человеком. Скелет негра был поставлен в этой экспозиции чуть-чуть впереди шимпанзе.
Нетрудно представить, как могли реагировать на подобные «научные» положения студенты-негры, многие из которых, подобно Дюбуа, были прекрасно подготовлены во многих областях науки, учились с большим успехом, чем белые студенты. Это были люди с обостренным чувством собственного достоинства, с легко ранимым самолюбием, что являлось следствием частых оскорблений со стороны расистов.
На таких расистских теориях воспитывались студенты Гарварда. и не было ничего удивительного в том, что Дюбуа и другие немногочисленные студенты-негры, обучавшиеся в университете, нередко сталкивались с фактами грубой расовой дискриминации.
В нюне 1890 года Дюбуа с отличием закончил Гарвардский университет, получив степень бакалавра философии. В числе пяти других выпускников ему было предоставлено почетное право выступить на выпускном вечере, что являлось признанием его больших успехов в учебе. Тема, выбранная Дюбуа для выступления, могла показаться на первый взгляд по крайней мере странной: Джефферсон Дэвис, президент мятежной рабовладельческой Конфедерации периода гражданской войны. Но в выборе этой темы был особый смысл: Дюбуа пытался таким образом начать в Гарварде, да и в масштабах страны, дискуссию о рабстве и тем самым привлечь внимание к современному состоянию негритянской проблемы в США.
Оценка Дюбуа деятельности Джефферсона Дэвиса, данная в этом выступлении, представляет очень большой интерес как образец прекрасно аргументированной критики догматов расистской рабовладельческой идеологии и практики. Интересны и оценки двадцатидвухлетнего Дюбуа вопроса о роли личности в истории, показательно это выступление и с точки зрения глубины интеллекта молодого ученого.
«Я намерен, — говорил Дюбуа, — исследовать не отдельную личность, а тот тип общества, который она представляла. В основу этого общества была положена идея сильной личности — индивидуализм в сочетании с властью силы, а ведь именно эта идея принимается за логику даже в современной истории, равнодушную логику большой дубины. Именно она сделала от природы храброго и великодушного человека Джефферсоном Дэвисом, который то насаждает цивилизацию, убивая индейцев, то становится «героем» национального позора, из вежливости названного Мексиканской войной, и наконец — верх абсурда! — берет на себя странную роль поборника права людей, дорожащих своей свободой, лишать свободы другой народ… В каком бы виде ни появлялся такой Джефферсон Дэвис — как отдельная личность, отдельная раса или государство, — смысл существования его логически сводится только к одному: к возвышению и прогрессу какой-то части за счет целого, исходя из преувеличенного состояния собственного «я» и, следовательно, забвения понятия «ты». Прогрессу цивилизации всегда мешал близорукий национальный эгоизм… Утверждать, будто какая-нибудь нация стоит поперек дороги развитию цивилизации, значит противоречить истине, а человеческая цивилизация, основанная на возвышении одной расы и угнетении другой, представляет собой фарс и ложь. Именно такого рода цивилизацию представлял Джефферсон Дэвис — цивилизацию, на почве которой вырастают мужественные и героические характеры, но наряду с этим безнравственность и утонченная жестокость. Такие разительные противоречия возникают всякий раз, когда какой-нибудь народ возомнит, будто целью человеческого развития является не просто цивилизация, а цивилизация тевтонов».
Выступление Дюбуа произвело огромное впечатление и получило блестящие отзывы научной общественности и прессы. Один из профессоров Гарварда, у которого Дюбуа занимался, после его выступления писал в крупном периодическом издании того времени «Кейт Филдс Вашингтон», что Дюбуа произвел фурор и оказался в центре всеобщего внимания. Отметив выдающиеся научные достоинства доклада Дюбуа, профессор подчеркивал, что докладчик был прекрасным студентом и «наверняка самый способный из негров, учившихся в Гарварде». Заключительная фраза в статье профессора знаменательна: вольно или невольно она признавала то, что негры в университете были на особом положении.