Положение было поистине отчаянным, когда, наконец, пришел положительный ответ из Уилберфорского университета в городе Зинии, штат Огайо. Дюбуа предложили возглавить кафедру древних языков этого университета с окладом восемьсот долларов в год. Спустя короткое время пришло предложение из Института Линкольна, штат Миссури. За работу В качестве преподавателя древних языков и математики Дюбуа предлагали тысячу пятьдесят долларов в год. И наконец, третье предложение пришло от небезызвестного Букера Вашингтона из Института Таскиги, предложившего Дюбуа преподавать математику.
Дюбуа, оглядываясь на пройденную жизнь, вспоминая на склоне лет об этих полученных предложениях, писал, что трудно сказать, как сложилась бы его жизнь, если бы он принял предложение Букера Вашингтона. Но об этом не могло быть и речи хотя бы потому, что Дюбуа уже дал свое согласие на первое полученное им предложение.
В августе 1894 года Дюбуа выехал в Уилберфорс. Так началась его работа преподавателя и ученого, продолжавшаяся шестнадцать лет, та деятельность, которую он позднее назвал «настоящая работа моей жизни». Громкое название «университет» очень мало подходило для учебного заведения Уилберфорса. Это была небольшая духовная семинария, содержавшаяся на средства Африканской методистской церкви, являвшейся в то время крупнейшей общественной организацией американских негров.
Трудно, практически невозможно, было сочетать науку и религию. Дюбуа в этом убедился сразу же, как только приехал в Уилберфорс. О своем первом столкновении с церковниками он рассказывал так: «Однажды, желая ознакомиться с местными религиозными обычаями, я очутился среди молящихся студентов. Один из студентов, читавший молитву, в то время как остальные ему вторили, неожиданно, ни слова мне не говоря, воскликнул:
— Внемлите профессору Дюбуа, он будет читать молитву!
— Нет, не будет, — ответил я кратко».
Для церковной иерархии Уилберфорса эти слова прозвучали как святотатство. Разразился страшный скандал, естественным финалом которого должно было явиться увольнение строптивого профессора, не считавшегося с тем, что он преподает в духовном учебном заведении. И если Дюбуа остался в Уилберфорсе, то главной причиной этого являлось то, что он, не считаясь со временем и усталостью, самозабвенно отдавался работе. Он обладал огромной работоспособностью, беззаветно любил свое дело, был требователен и одновременно заботлив и внимателен к студентам. Лишиться такого профессора, к тому же обладавшего поистине блестящей научной подготовкой, было не в интересах университета.
Дюбуа остался преподавать в Уилберфорсе, но его прямота, нередко переходившая в открытую резкость, нежелание заискивать перед церковным руководством, пользовавшимся неограниченной властью, в конечном итоге создали для него невыносимые условия для работы.
Это случилось позднее, а пока Дюбуа со всей увлеченностью, на которую может быть способен только человек, верящий в большое значение своей деятельности, отдавался работе со студентами. Официально Дюбуа являлся руководителем кафедры древних языков, но в действительности ему пришлось преподавать не только греческий и латынь, но и немецкий и английский языки. В круг его обязанностей входило наблюдение за дисциплиной студентов и выполнение некоторых других административных функций. Не считаясь со временем, сверх и без того огромной учебной нагрузки, без какого-либо вознаграждения Дюбуа хотел преподавать студентам социологию. Но руководство университета и церковная иерархия ни в коей мере не разделяли энтузиазма молодого профессора, которому так и не удалось разбить предубеждение с их стороны к новой отрасли науки.
Среди студентов, с которыми занимался Дюбуа, были люди различных способностей, некоторые из них — очень одаренные от природы, но большинство, как правило, с очень слабой общеобразовательной подготовкой. Дюбуа писал, что среди студентов он обнаружил «такое же рвение, такую же жизнерадостность, такой же ум», как в Новой Англии или в Европе. Но специфические особенности духовного учебного заведения, мертвящая атмосфера, созданная в Уилберфорсе церковниками, вызывали резкие протесты Дюбуа, всегда питавшего отвращение к церковным догмам.
Успехи в общеобразовательных дисциплинах уравнивались с «моральным и религиозным» лицом студента, посещения церкви были регулярными и обязательными, запрещались «тайные общения» между мужчинами и женщинами и даже случайные встречи на университетских спортивных площадках.